| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 38 (0.710) | 60 (1.130) | 38/98 | NT | 49.8% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 83 (1.560) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809329‑2809468 | tatataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCg > 1:4989425/1‑71 (MQ=255)atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg < 1:730402‑M2/2‑1 (MQ=255) taACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCt > 1:4150610/1‑70 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:1603632‑M2/7‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGACGGTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:192301/71‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcacggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:1758246‑M2/11‑1 (MQ=255) acaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTa < 1:2575226/71‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa < 1:2766789‑M2/13‑1 (MQ=255) aaGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:5025621/1‑71 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:906670/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:2945682/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:910710/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:512252/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATg < 1:607514/71‑1 (MQ=255) tCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:2403046/71‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:2230627‑M2/19‑1 (MQ=255) cgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:1122658‑M2/51‑71 (MQ=255) cgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:93988‑M2/51‑71 (MQ=255) cgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:513769‑M2/51‑71 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3209216‑M2/50‑62 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:695441‑M2/50‑70 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:1891278‑M2/50‑70 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:2809676‑M2/48‑70 (MQ=255) ttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTa < 1:1000358/58‑1 (MQ=255) gcaattcccggaggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:4942758‑M2/47‑71 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:4497320‑M2/14‑1 (MQ=255) aaaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGaaa > 1:5010501/1‑51 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac > 1:3648643‑M2/42‑42 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa > 1:4160525‑M2/42‑53 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa < 1:1011336/70‑1 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa < 1:2723309/70‑1 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:842764/68‑1 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCTGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:3899116‑M2/41‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:4873202‑M2/41‑45 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:1456820‑M2/41‑45 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:306825‑M2/41‑45 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:1061075‑M2/41‑45 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:3613380‑M2/41‑69 (MQ=255) cAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:2215204/1‑59 (MQ=255) cAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:1548646/71‑1 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:3900413‑M2/12‑1 (MQ=255) tACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:4084381/62‑1 (MQ=255) aattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc > 1:4578052‑M2/33‑71 (MQ=255) aTTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc > 1:47339/1‑71 (MQ=255) tttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:802863/71‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt > 1:3893325‑M2/31‑71 (MQ=255) ttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:2691366/41‑1 (MQ=255) ttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt > 1:4012184/1‑64 (MQ=255) ttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt > 1:4326534/1‑64 (MQ=255) ttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc < 1:914473/69‑1 (MQ=255) tgattgagaaggttttcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:3426795‑M2/30‑71 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:3749553/1‑71 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:879455/1‑71 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACACAAATGGATAGTTCGtt > 1:3982084‑M2/29‑70 (MQ=255) aCTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1937818/70‑1 (MQ=255) cTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1694425/69‑1 (MQ=255) cTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3167394/69‑1 (MQ=255) cTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:1717816/1‑71 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:1387770‑M2/41‑1 (MQ=255) tttATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:345152/57‑1 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTAc < 1:2827244‑M2/45‑1 (MQ=255) tgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAATTgg < 1:553819‑M2/32‑1 (MQ=255) tgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACg > 1:563533‑M2/26‑71 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATa > 1:2247977/1‑59 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:3338582/1‑68 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATCCCCaaa > 1:704552‑M2/25‑53 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGc > 1:1089187‑M2/25‑71 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:874168‑M2/48‑1 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:3557409‑M2/48‑1 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:3768195‑M2/48‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATg < 1:4287384/37‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATg < 1:206417/37‑1 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:2335891‑M2/50‑1 (MQ=255) tGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:1333156/70‑1 (MQ=255) tGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAt > 1:1596249/1‑71 (MQ=255) ggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:1210853‑M2/21‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:4022406‑M2/17‑71 (MQ=255) cTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:5121272/46‑1 (MQ=255) gcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc < 1:2225554‑M2/56‑1 (MQ=255) gcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc < 1:794356‑M2/56‑1 (MQ=255) gTCGTTTCTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa > 1:654944/1‑70 (MQ=255) gTCGTTACTATATCGGCTTAAATTAAAGAGGTCAAACCCAAATGGAt > 1:2886294/1‑47 (MQ=37) gTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:520464/55‑1 (MQ=255) gTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4538159/55‑1 (MQ=255) gaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAt > 1:3872469‑M2/12‑71 (MQ=255) cGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4033763/1‑55 (MQ=255) aCTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:340529/1‑51 (MQ=255) aCTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4394676/1‑51 (MQ=255) cTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa < 1:1811245/71‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACTCCCATTGAACAAATGCTa > 1:1455585‑M2/7‑70 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:950844‑M2/7‑70 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:602380‑M2/6‑49 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:580353‑M2/48‑1 (MQ=255) tataTCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:482236/53‑1 (MQ=255) atCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc < 1:3666011/58‑1 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAttt > 1:2525101/1‑71 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAttt < 1:2214994‑M2/70‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:1371130‑M2/68‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTc < 1:790977/71‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTc < 1:1364660/71‑1 (MQ=255) | TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809329‑2809468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |