| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 85 (1.600) | 43/98 | NT | 90.4% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 9 (0.170) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748739‑3748877 | cGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg > 1:3718120‑M2/1‑69 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2846065‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1735988‑M2/71‑4 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat < 1:1888364‑M1/11‑1 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg < 1:5016993‑M2/71‑8 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc < 1:1757971‑M2/70‑9 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:607236‑M1/51‑71 (MQ=255) ttGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc < 1:4188396‑M2/70‑13 (MQ=255) tGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcca > 1:4788943‑M2/1‑57 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg < 1:3368488‑M1/25‑1 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGa < 1:2056253‑M1/19‑1 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:2950273‑M1/27‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:438567‑M1/29‑1 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:403139‑M2/1‑49 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:4366919‑M2/1‑46 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcca > 1:1591550‑M2/1‑46 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:4424008‑M1/38‑48 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2177948‑M1/35‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcca > 1:3073991‑M2/1‑36 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:1427779‑M2/71‑37 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:2745650‑M1/26‑71 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:2969742‑M2/56‑23 (MQ=255) cGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 1:5027854‑M2/1‑33 (MQ=255) cGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 1:73903‑M2/1‑33 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa < 1:3448677‑M1/32‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:3401356‑M1/23‑54 (MQ=255) caataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:1812985‑M1/27‑1 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta > 1:109141‑M2/1‑30 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:1710890‑M1/34‑1 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGa < 1:2016057‑M1/51‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2676607‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:4558888‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:3733550‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2425812‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1801191‑M2/1‑27 (MQ=255) aagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:3341408‑M1/53‑1 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:2813203‑M2/69‑45 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:1179349‑M1/17‑70 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:3871879‑M2/71‑48 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:3646757‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2320294‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:129961‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:3919149‑M2/1‑22 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg < 1:3523581‑M2/54‑34 (MQ=255) agtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2383040‑M1/11‑63 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct < 1:684322‑M2/71‑53 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:4333104‑M2/1‑18 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:153544‑M2/1‑17 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAAAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1817784‑M2/1‑17 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgcaaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:4538329‑M2/1‑16 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag < 1:1184753‑M2/71‑57 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag < 1:2255330‑M2/71‑57 (MQ=255) ttaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGa > 1:3977970‑M1/6‑71 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag > 1:3139232‑M2/1‑14 (MQ=255) taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGa < 1:4761309‑M1/66‑1 (MQ=255) gCTTCTAATAACAgttgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg > 1:1664414‑M2/1‑13 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:4774758‑M1/35‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:4118076‑M1/35‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:3811709‑M1/44‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:2112239‑M1/67‑1 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:4435592‑M2/1‑11 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 1:4090008‑M2/71‑63 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 1:4910966‑M2/71‑63 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:3669694‑M2/56‑48 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:2512823‑M2/40‑32 (MQ=255) taataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:1010333‑M2/55‑48 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:5067062/39‑1 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1673530/1‑54 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttct < 1:4634208‑M2/71‑65 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttct < 1:3460226‑M2/71‑65 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAcc < 1:1856876/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |