| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,420,362 | C→T | 28.6% | intergenic (‑419/‑23) | kil ← / → sieB | inhibitor of ftsZ, killing protein/phage superinfection exclusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,420,362 | 0 | C | T | 28.6% | 109.4 / 52.4 | 70 | intergenic (‑419/‑23) | kil/sieB | inhibitor of ftsZ, killing protein/phage superinfection exclusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base T (7/13); total (32/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
TCACCACCTCCGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAACG > W3110S.gb/1420292‑1420427 | tCACCACCTCCGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATAcc > 1:2271456/1‑71 (MQ=255) ccGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt > 1:4669599/1‑71 (MQ=255) cGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt < 1:2849481/70‑1 (MQ=255) cTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGagag < 1:116569/71‑1 (MQ=255) cGGTTGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGt < 1:3690754/69‑1 (MQ=255) gtggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTAtt < 1:3608790/71‑1 (MQ=255) gtggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTAtt < 1:3059939/71‑1 (MQ=255) ggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGa > 1:4709903/1‑71 (MQ=255) ggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGa > 1:1319021/1‑71 (MQ=255) gtCTCGTCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTg < 1:1623379/69‑1 (MQ=255) gtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTg < 1:1060985/69‑1 (MQ=255) gtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTg < 1:3299891/69‑1 (MQ=255) tcGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATg > 1:3375640/1‑71 (MQ=255) tcGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATg > 1:4735522/1‑71 (MQ=255) tcGGCTATACCACTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATg > 1:4141414/1‑71 (MQ=255) gtcTATACCCCTACAGCGATAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGta > 1:3256074/3‑59 (MQ=255) ggCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGtt > 1:3528879/1‑71 (MQ=255) ggCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGtt > 1:3169665/1‑71 (MQ=255) ggCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATAGATATGtt > 1:3053394/1‑71 (MQ=255) cTATACCCCTACAGCGATAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGt < 1:2852/57‑1 (MQ=255) tataCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt > 1:2421123/1‑50 (MQ=255) taCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt < 1:5102813/48‑1 (MQ=255) taCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt < 1:3105140/48‑1 (MQ=255) taCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACACTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATg > 1:3698216/1‑71 (MQ=255) ccccTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTa > 1:3042658/1‑71 (MQ=255) ccTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt < 1:1510236/71‑1 (MQ=255) cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGtt < 1:3149618/43‑1 (MQ=255) cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTgaga > 1:4509121/1‑47 (MQ=255) cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGt < 1:1746463/49‑1 (MQ=255) cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGt < 1:4374528/49‑1 (MQ=255) cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt > 1:2172868/1‑70 (MQ=255) aCAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGa < 1:3335507/53‑1 (MQ=255) cAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACt > 1:2874590/1‑71 (MQ=255) cAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGatat > 1:2997444/1‑55 (MQ=255) cAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACt > 1:3478193/1‑71 (MQ=255) aGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTAc > 1:3217065/1‑35 (MQ=255) aGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTAc > 1:3236353/1‑35 (MQ=255) gagaGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCAt > 1:3058544/1‑71 (MQ=255) gagaGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCAt > 1:2096098/1‑71 (MQ=255) agCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTc < 1:3543141/65‑1 (MQ=255) cTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCAttgttg < 1:4956962/71‑1 (MQ=255) tgtgTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGata > 1:4624333/1‑43 (MQ=255) tgtTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt < 1:1013476/54‑1 (MQ=255) tgtTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt < 1:563713/54‑1 (MQ=255) ttAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt < 1:1740758/71‑1 (MQ=255) ttAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACt < 1:4525105/70‑1 (MQ=255) ttAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt > 1:4757418/1‑71 (MQ=255) ttAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt < 1:1707695/71‑1 (MQ=255) ttAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATCTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt < 1:4185402/71‑1 (MQ=255) aaCATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTc > 1:1329248/1‑55 (MQ=255) aaCATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtttt > 1:1509603/1‑71 (MQ=255) aCATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAt < 1:1192638/48‑1 (MQ=255) aCATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAt < 1:4711002/48‑1 (MQ=255) aCATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACttttt < 1:3569458/71‑1 (MQ=255) aCATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACttttt < 1:3297556/71‑1 (MQ=255) tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGt < 1:5010208/43‑1 (MQ=255) tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGt < 1:5014507/43‑1 (MQ=255) tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGt < 1:5016202/43‑1 (MQ=255) tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTc < 1:4688556/51‑1 (MQ=255) ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:886315/1‑70 (MQ=255) ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:3559452/1‑70 (MQ=255) ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:3162625/1‑70 (MQ=255) ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:2278082/1‑70 (MQ=255) tCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTAc > 1:4819226/1‑47 (MQ=255) cAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAAc > 1:1887326/1‑71 (MQ=255) aaTACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAAc < 1:2605548/70‑1 (MQ=255) aaTACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAAc < 1:258750/70‑1 (MQ=255) aaTACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAACg < 1:1904727/71‑1 (MQ=255) tACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt < 1:4677708/65‑1 (MQ=255) tACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt < 1:3223813/65‑1 (MQ=255) tACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt < 1:1178179/65‑1 (MQ=255) | TCACCACCTCCGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAACG > W3110S.gb/1420292‑1420427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |