| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,076,552 | A→G | 32.1% | V959V (GTA→GTG) | flu → | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,076,552 | 0 | A | G | 32.1% | 61.6 / 47.1 | 53 | V959V (GTA→GTG) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/23); new base G (11/6); total (24/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
ATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAG > W3110S.gb/2076486‑2076620 | aTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGc > 1:2710697/1‑71 (MQ=255)aTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGc > 1:4046958/1‑71 (MQ=255)aTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACa < 1:2254015/69‑1 (MQ=255) tCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGcc < 1:4521257/71‑1 (MQ=255) tCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGcc < 1:2208782/71‑1 (MQ=255) ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt > 1:2708592/1‑71 (MQ=255) ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt < 1:3768821/71‑1 (MQ=255) ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt > 1:156828/1‑71 (MQ=255) ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt < 1:4679363/71‑1 (MQ=255) ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt > 1:4457704/1‑71 (MQ=255) cGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTc > 1:339010/1‑71 (MQ=255) tGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTg < 1:2963902/71‑1 (MQ=255) ccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:1660495/70‑1 (MQ=255) cccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATc > 1:641799/1‑71 (MQ=255) tGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:3726339/64‑1 (MQ=255) tGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:4971423/64‑1 (MQ=255) gCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCgga > 1:3307811/1‑69 (MQ=255) cGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGc < 1:2621391/69‑1 (MQ=255) cGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 1:4519994/1‑71 (MQ=255) aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCTCACCtt < 1:663581/70‑1 (MQ=255) aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCtt > 1:3965211/1‑70 (MQ=255) aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTc < 1:1387898/71‑1 (MQ=255) gTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAg > 1:3806600/1‑70 (MQ=255) gTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGc > 1:221512/1‑71 (MQ=255) tGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTg < 1:909600/53‑1 (MQ=255) gCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGc > 1:314843/1‑46 (MQ=255) gCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTc > 1:4114280/1‑71 (MQ=255) cAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTcc > 1:2221844/1‑71 (MQ=255) aaaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 1:2972020/1‑60 (MQ=255) aaaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc < 1:4450688/71‑1 (MQ=255) aaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGc > 1:1855102/1‑43 (MQ=255) caGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgag < 1:3846685/71‑1 (MQ=255) aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga < 1:4693820/71‑1 (MQ=255) aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATACGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga < 1:1798801/71‑1 (MQ=255) aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCggg > 1:579631/1‑67 (MQ=255) aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga < 1:632788/71‑1 (MQ=255) gtgtGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGat < 1:105111/71‑1 (MQ=255) gtgagtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGatat > 1:4451672/1‑71 (MQ=255) agtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCg < 1:1050770/71‑1 (MQ=255) gaATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCg < 1:4297866/41‑1 (MQ=255) aaTTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 1:3471857/71‑1 (MQ=255) aaTTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 1:502985/71‑1 (MQ=255) aCCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGata > 1:3787553/1‑59 (MQ=255) aCCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTgggg > 1:4723355/1‑70 (MQ=255) gAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCa > 1:1953288/1‑71 (MQ=255) aaCTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTc < 1:4312811/68‑1 (MQ=255) aaCTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCAc > 1:2579282/1‑71 (MQ=255) aCTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTggg < 1:1060511/61‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTg < 1:444481/71‑1 (MQ=255) ggtgggtgCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:3825219/1‑51 (MQ=255) ggtgggtgCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:2952354/1‑51 (MQ=255) ggtgggtgCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:731218/1‑51 (MQ=255) gtggGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGGGTGGGGACTTCCACTgc < 1:1321150/69‑1 (MQ=255) gggTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:3552095/1‑48 (MQ=255) ggTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggc < 1:1993804/70‑1 (MQ=255) gTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggcag < 1:4990022/71‑1 (MQ=255) | ATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAG > W3110S.gb/2076486‑2076620 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |