| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,082,018 | A→G | 38.3% | I237I (ATT→ATC) | yeeA ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,082,018 | 0 | A | G | 38.3% | 40.8 / 67.9 | 60 | I237I (ATT→ATC) | yeeA | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/19); new base G (11/12); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
ATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTC > W3110S.gb/2081952‑2082085 | aTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATg > 1:587093/1‑70 (MQ=255) cTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTg < 1:3446883/71‑1 (MQ=255) cgcgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATAcc > 1:2908305/1‑71 (MQ=255) cccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCatat < 1:1329931/71‑1 (MQ=255) cccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCatat < 1:4300285/71‑1 (MQ=255) aTGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCt > 1:3982377/1‑51 (MQ=255) tGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTgg > 1:3930016/1‑52 (MQ=255) tGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGa > 1:1382898/1‑53 (MQ=255) tGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAt > 1:4364380/1‑70 (MQ=255) tGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATg > 1:2320875/1‑46 (MQ=255) tGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAtt > 1:639142/1‑71 (MQ=255) tGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAtt > 1:1984616/1‑71 (MQ=255) gCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATc < 1:1660350/66‑1 (MQ=255) gCATTGATATGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATc < 1:1910241/66‑1 (MQ=255) cATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGAt > 1:1042584/1‑43 (MQ=255) cATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAtttt > 1:3286941/1‑71 (MQ=255) aTTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTaa > 1:4189918/1‑41 (MQ=255) aTTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTaa > 1:4142710/1‑41 (MQ=255) aTTGATTTGCAACTCCACCATACAAACAAGATTGCGGTTa > 1:490076/1‑40 (MQ=38) ttGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:4570879/68‑1 (MQ=255) ttGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:3287124/68‑1 (MQ=255) ttGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTgg < 1:4473241/71‑1 (MQ=255) ttGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGAATGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:3881698/68‑1 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAATCCAGATTGCGGTTa > 1:2336350/1‑37 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTgg > 1:3180871/1‑46 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGa > 1:3278307/1‑47 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGa > 1:1280278/1‑47 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata > 1:1447414/1‑57 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:4299193/1‑71 (MQ=255) aTTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa < 1:4173856/70‑1 (MQ=255) ttGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata > 1:460608/1‑54 (MQ=255) gCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa < 1:1097624/66‑1 (MQ=255) aaCTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa > 1:4342516/1‑66 (MQ=255) aaCTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa > 1:4856525/1‑66 (MQ=255) aCTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:1869751/1‑63 (MQ=255) gCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTgg > 1:29767/1‑55 (MQ=255) gCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTg < 1:4265965/71‑1 (MQ=255) gCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTg < 1:806156/71‑1 (MQ=255) aTACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCt < 1:880967/71‑1 (MQ=255) aTACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCt < 1:2433270/71‑1 (MQ=255) tACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACgg > 1:4949538/1‑59 (MQ=255) tACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCtt < 1:14609/66‑1 (MQ=255) tACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:1071624/49‑1 (MQ=255) aCAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:641537/48‑1 (MQ=255) cAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa > 1:2936819/1‑54 (MQ=255) cAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGc > 1:405794/1‑67 (MQ=255) aaCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggcg < 1:561006/70‑1 (MQ=255) aCCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggcgg > 1:1469713/1‑70 (MQ=255) aCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:4500296/1‑49 (MQ=255) aCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:3628046/1‑49 (MQ=255) ccAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa < 1:4446135/48‑1 (MQ=255) gATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGgcgc < 1:161822/70‑1 (MQ=255) aTTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTg < 1:1042562/41‑1 (MQ=255) aTTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTg < 1:2951188/41‑1 (MQ=255) aTTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTg < 1:3916963/41‑1 (MQ=255) aTTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTg < 1:4190907/41‑1 (MQ=255) ttGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAAt < 1:718574/71‑1 (MQ=255) cGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCa < 1:1926069/70‑1 (MQ=255) cGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAg < 1:26516/71‑1 (MQ=255) cGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAg < 1:4357959/71‑1 (MQ=255) cGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGCaa > 1:4917117/1‑40 (MQ=255) ggTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGTTTTCtt < 1:3502806/51‑1 (MQ=255) gTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTc > 1:4144023/1‑71 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCttt < 1:1438199/50‑1 (MQ=255) aaTGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCt > 1:279850/1‑51 (MQ=255) | ATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTC > W3110S.gb/2081952‑2082085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |