| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,551,149 | C→T | 11.7% | intergenic (‑94/‑70) | yfeT ← / → yfeU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,551,149 | 0 | C | T | 11.7% | 276.0 / 21.9 | 94 | intergenic (‑94/‑70) | yfeT/yfeU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/49); new base T (7/4); total (41/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
TAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCACCGA > W3110S.gb/2551081‑2551219 | tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:951892/1‑71 (MQ=255)tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:3581657/1‑71 (MQ=255)tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:278055/1‑71 (MQ=255)tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:1957495/1‑71 (MQ=255) aaaTTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTg > 1:2840798/1‑71 (MQ=255) aTTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:461453/71‑1 (MQ=255) ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:2715261/70‑1 (MQ=255) ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:1894699/70‑1 (MQ=255) ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAt > 1:3421423/1‑71 (MQ=255) cGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAtt < 1:2899393/71‑1 (MQ=255) cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGc > 1:3765501/1‑60 (MQ=255) cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCg > 1:4314018/1‑71 (MQ=255) cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCg < 1:1943298/71‑1 (MQ=255) ttAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCgg > 1:2559489/1‑71 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:2944473/62‑1 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:1780593/62‑1 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:2228174/62‑1 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCgg < 1:2800330/69‑1 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCgg < 1:4882445/69‑1 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa > 1:4333371/1‑71 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa > 1:1076946/1‑71 (MQ=255) aGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGt > 1:3714125/1‑60 (MQ=255) aGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa < 1:3652176/70‑1 (MQ=255) gTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata < 1:1901854/71‑1 (MQ=255) gTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata < 1:382933/71‑1 (MQ=255) cTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat > 1:1544665/1‑71 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:4572660/68‑1 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:590787/68‑1 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATg < 1:4471304/69‑1 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAt > 1:1519080/1‑71 (MQ=255) gACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTc < 1:3669365/57‑1 (MQ=255) aCGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc > 1:3167712/1‑70 (MQ=255) cGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:1972704/71‑1 (MQ=255) ctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:1010840/46‑1 (MQ=255) ctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAtt > 1:232863/1‑64 (MQ=255) ttCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc < 1:2551333/69‑1 (MQ=255) ttCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc < 1:4252403/69‑1 (MQ=255) tCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata > 1:126344/1‑55 (MQ=255) cacaCTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATc > 1:1815002/1‑70 (MQ=255) cacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCt > 1:292716/1‑69 (MQ=255) cacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGc < 1:2804463/71‑1 (MQ=255) acTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:4248054/61‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTc < 1:4207740/38‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTc < 1:2361277/38‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTc < 1:322705/38‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:1738605/52‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:4595666/52‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATa > 1:2834722/1‑61 (MQ=255) ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:3396628/51‑1 (MQ=255) ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:1100616/51‑1 (MQ=255) tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatta > 1:406167/1‑71 (MQ=255) tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:2920442/38‑1 (MQ=255) tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:90284/50‑1 (MQ=255) tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatta > 1:518810/1‑71 (MQ=255) cGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAattatt > 1:4272413/1‑71 (MQ=255) tgtAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGa < 1:2326567/70‑1 (MQ=255) tAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc < 1:748292/52‑1 (MQ=255) tAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTg < 1:2081408/67‑1 (MQ=255) aCTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGt < 1:4649801/69‑1 (MQ=255) cTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa < 1:2269141/71‑1 (MQ=255) cTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa < 1:61019/71‑1 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:4950915/37‑1 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatata > 1:4049873/1‑36 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatata > 1:528914/1‑36 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:2671952/1‑70 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGACAATTCGGGatata > 1:1635778/1‑36 (MQ=255) cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:87465/36‑1 (MQ=255) cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:1513074/36‑1 (MQ=255) cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:4380904/1‑69 (MQ=255) cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:4432615/1‑69 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:4410668/1‑71 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:1532709/1‑71 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:4205678/1‑71 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGa > 1:75445/1‑37 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:2725463/1‑71 (MQ=255) aTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt < 1:4955066/71‑1 (MQ=255) tGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt > 1:1274884/1‑70 (MQ=255) tGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt > 1:774327/1‑70 (MQ=255) ttCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc < 1:1597526/35‑1 (MQ=255) ttCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc < 1:4985828/35‑1 (MQ=255) ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCaa > 1:2482569/1‑46 (MQ=255) ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt > 1:4822590/1‑70 (MQ=255) ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt > 1:311628/1‑70 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaa < 1:719690/59‑1 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTca > 1:536177/1‑71 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:3947614/70‑1 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:722855/70‑1 (MQ=255) tttAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt < 1:4278678/68‑1 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacca > 1:3654774/1‑71 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacca > 1:504351/1‑71 (MQ=255) aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcaccac < 1:1327116/70‑1 (MQ=255) aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:3235432/71‑1 (MQ=255) aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:3114185/71‑1 (MQ=255) aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:1942238/71‑1 (MQ=255) aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:4522306/71‑1 (MQ=255) ccTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCACCGa < 1:5046145/71‑1 (MQ=255) | TAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCACCGA > W3110S.gb/2551081‑2551219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |