| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,882,995 | C→T | 19.2% | intergenic (‑201/+214) | ygcL ← / ← ygcB | hypothetical protein/conserved hypothetical protein, member of DEAD box family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,882,995 | 0 | C | T | 19.2% | 170.9 / 32.4 | 73 | intergenic (‑201/+214) | ygcL/ygcB | hypothetical protein/conserved hypothetical protein, member of DEAD box family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/30); new base T (5/9); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
ATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTT > W3110S.gb/2882926‑2883064 | aTTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAatgcatgc < 1:1735433/70‑1 (MQ=255) ggTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCAttt > 1:3760287/1‑71 (MQ=255) gTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTc < 1:1400768/71‑1 (MQ=255) tAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCaaa > 1:891764/1‑71 (MQ=255) aaTACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAAt > 1:277671/1‑71 (MQ=255) aTACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAAt < 1:246131/70‑1 (MQ=255) cAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCaa > 1:3311744/1‑65 (MQ=255) cAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTg < 1:1558024/70‑1 (MQ=255) aTTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCaa < 1:2226873/63‑1 (MQ=255) taCATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGt > 1:387197/1‑71 (MQ=255) tatatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGc < 1:423500/56‑1 (MQ=255) tatatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGc < 1:3670151/56‑1 (MQ=255) atatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAAt > 1:334373/1‑51 (MQ=255) atatTAAGATGTGTTGAATTGATTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAAt > 1:1345164/1‑51 (MQ=255) tatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat < 1:4741777/70‑1 (MQ=255) tatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGt < 1:222240/58‑1 (MQ=255) tatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:2151591/1‑70 (MQ=255) tatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:2771748/1‑70 (MQ=255) tatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:1225290/1‑70 (MQ=255) tatTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:4811687/1‑70 (MQ=255) tatTAAGATGTGTAGAATTGTTTAAAGCCAATAATGCATGCATTTCAAATc > 1:3639777/1‑51 (MQ=255) atTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCa < 1:3267830/46‑1 (MQ=255) ttAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCaa < 1:2460275/46‑1 (MQ=255) ttAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCaa < 1:2488284/46‑1 (MQ=255) ttAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttatta < 1:3720397/70‑1 (MQ=255) ttAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttatta < 1:3820792/70‑1 (MQ=255) aaGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAAt > 1:3872380/1‑46 (MQ=255) aaGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAAt > 1:2722241/1‑46 (MQ=255) aaGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttattatt < 1:3903396/70‑1 (MQ=255) aGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttattatta < 1:2361381/70‑1 (MQ=255) aGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttattatta > 1:37919/1‑70 (MQ=255) gATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTaaa < 1:3984495/71‑1 (MQ=255) gATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTaaa < 1:2381712/71‑1 (MQ=255) gATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTAGTTTTATTATTaaa < 1:1429730/71‑1 (MQ=255) gATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGt < 1:3237050/52‑1 (MQ=255) aTGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAg < 1:3534008/71‑1 (MQ=255) tgtgTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGa < 1:2901237/71‑1 (MQ=255) tgtTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTa > 1:352082/1‑50 (MQ=255) tgtTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTa > 1:3166669/1‑50 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCa < 1:2230413/35‑1 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCa < 1:3079891/35‑1 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCa < 1:1983572/35‑1 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGtttt < 1:3583268/56‑1 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGt < 1:2168315/53‑1 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGt < 1:3664342/53‑1 (MQ=255) ttGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTaaa < 1:3113243/65‑1 (MQ=255) gAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACttt > 1:4811991/1‑71 (MQ=255) gAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACttt > 1:2908400/1‑71 (MQ=255) gAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACttt > 1:4805911/1‑71 (MQ=255) aaTTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACttt < 1:1011154/70‑1 (MQ=255) aaTTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACttt < 1:131058/70‑1 (MQ=255) ttGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAg > 1:1794845/1‑71 (MQ=255) ttGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAg > 1:4355045/1‑71 (MQ=255) gTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGt > 1:4765149/1‑70 (MQ=255) ttAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAg < 1:2029201/36‑1 (MQ=255) ttAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAg < 1:1033218/36‑1 (MQ=255) aaaGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTaaa > 1:4884719/1‑54 (MQ=255) aaGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTataat < 1:3202650/71‑1 (MQ=255) aCAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATaataat < 1:635510/71‑1 (MQ=255) aCAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATaataat < 1:5078517/71‑1 (MQ=255) cAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTtta > 1:4658930/1‑41 (MQ=255) aataatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat < 1:3456850/41‑1 (MQ=255) aataatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat < 1:227157/41‑1 (MQ=255) aataatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTa > 1:1415555/1‑71 (MQ=255) ataatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTAc < 1:2943397/71‑1 (MQ=255) ataatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCG‑TTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTAc < 1:3909845/70‑1 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttatta > 1:2783522/1‑41 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttatta > 1:3208067/1‑41 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttatta > 1:2423634/1‑41 (MQ=255) aatGCATGTATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCa > 1:4458960/1‑71 (MQ=255) aatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:1540016/1‑38 (MQ=255) aatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:5082466/1‑38 (MQ=255) aatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTttat > 1:2296244/1‑38 (MQ=255) aatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTataata > 1:2682278/1‑64 (MQ=255) atgcatgcATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCa > 1:4208969/1‑70 (MQ=255) catgcatTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTAtaataa > 1:4233838/1‑61 (MQ=255) catgcatTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTAtaataa > 1:2273633/1‑61 (MQ=255) gcatTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAAttt > 1:1684693/1‑71 (MQ=255) catTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAAttt > 1:3966461/1‑70 (MQ=255) catTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAAttt < 1:1919724/70‑1 (MQ=255) catTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAAttt > 1:3621826/1‑70 (MQ=255) | ATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTT > W3110S.gb/2882926‑2883064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |