| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,936,230 | C→T | 34.6% | A46V (GCC→GTC) | fucK → | L‑fuculokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,936,230 | 0 | C | T | 34.6% | 94.6 / 78.5 | 81 | A46V (GCC→GTC) | fucK | L‑fuculokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/30); new base T (11/17); total (34/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GCGACCAATGTCAGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATTTTGCAACGCTTT > W3110S.gb/2936160‑2936297 | gcgACCAATGTCAGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGc < 1:1945996/71‑1 (MQ=255)gcgAACAATGTCAGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGc < 1:3485048/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGatat < 1:3702487/70‑1 (MQ=255) tCAGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATc > 1:1796543/1‑71 (MQ=255) aGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATcgc < 1:2617840/71‑1 (MQ=255) ggCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATcgc < 1:269994/69‑1 (MQ=255) tCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGaa < 1:744600/71‑1 (MQ=255) tCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGaa < 1:221669/71‑1 (MQ=255) tCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGaa < 1:336630/71‑1 (MQ=255) gcgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGaaaa > 1:1543264/1‑71 (MQ=255) gcgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGaaaa > 1:3388827/1‑71 (MQ=255) gcgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGaaaa > 1:3453652/1‑71 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:2814571/71‑1 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:2749697/71‑1 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:3373095/71‑1 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:621756/71‑1 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:865112/71‑1 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:4069356/71‑1 (MQ=255) cgGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:4426463/71‑1 (MQ=255) ttAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATcgc < 1:4325363/58‑1 (MQ=255) ttAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATcgc < 1:1871157/58‑1 (MQ=255) aaTCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCACCGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAacac > 1:436518/1‑71 (MQ=255) aaTCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGa > 1:2032796/1‑50 (MQ=255) aaTCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGa > 1:4514192/1‑50 (MQ=255) tCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAacac < 1:1943083/69‑1 (MQ=255) tCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaacaa > 1:1266240/1‑66 (MQ=255) ggCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGa < 1:3755822/58‑1 (MQ=255) ggCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAacac > 1:2690461/1‑67 (MQ=255) ggCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAacac > 1:2834694/1‑67 (MQ=255) ggCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAacac > 1:1763642/1‑67 (MQ=255) ggCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTgg > 1:2700830/1‑71 (MQ=255) ggCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTgg > 1:4709436/1‑71 (MQ=255) aGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCa > 1:3665224/1‑39 (MQ=255) aGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCAc < 1:4920055/71‑1 (MQ=255) ggCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGc < 1:3602663/39‑1 (MQ=255) ggCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaacaac < 1:931879/60‑1 (MQ=255) ggCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:1606864/57‑1 (MQ=255) ggCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCAc < 1:1007986/69‑1 (MQ=255) gCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCTCGAt < 1:2898453/49‑1 (MQ=255) cAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGt > 1:1873671/1‑71 (MQ=255) cAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGaaaa > 1:3687510/1‑54 (MQ=255) aaaTTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGc < 1:3591565/35‑1 (MQ=255) aaaTTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGc < 1:2866784/35‑1 (MQ=255) aaaTTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGc < 1:2089705/35‑1 (MQ=255) aaaTTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGaa < 1:288755/50‑1 (MQ=255) ttgttgCGCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGc > 1:5008784/1‑60 (MQ=255) ttgttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCt > 1:4997646/1‑71 (MQ=255) ttgttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCt > 1:413431/1‑71 (MQ=255) tgttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGa > 1:130375/1‑41 (MQ=255) tgttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGa > 1:750270/1‑41 (MQ=255) tgttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaacaac < 1:3308223/52‑1 (MQ=255) tgttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaacaac < 1:690028/52‑1 (MQ=255) gttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGaaaa > 1:1334854/1‑47 (MQ=255) gttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCtt < 1:234911/70‑1 (MQ=255) gttgCCCGCCCCTCAACGCCTAATGCCTGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTTGTCtt < 1:3046501/70‑1 (MQ=255) ttgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa < 1:257982/71‑1 (MQ=255) tgCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAg > 1:2851486/1‑71 (MQ=255) gCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAacac > 1:3331170/1‑50 (MQ=255) ccGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:2131951/43‑1 (MQ=255) ccGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:4706983/43‑1 (MQ=255) ccGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:3380859/43‑1 (MQ=255) cgcCTCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCa < 1:1978701/71‑1 (MQ=255) cTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCAttt < 1:2657029/71‑1 (MQ=255) tCAACGCCTAATTTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa < 1:4735777/60‑1 (MQ=255) tCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa < 1:2702183/60‑1 (MQ=255) tCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCAtttt > 1:3980708/1‑71 (MQ=255) tCAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCAtttt > 1:2597123/1‑71 (MQ=255) tCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa < 1:4958157/60‑1 (MQ=255) cAACGCCTAATGTCAGCGATATCGCGATGGAAaac < 1:5052723/35‑1 (MQ=255) cAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa > 1:937509/1‑59 (MQ=255) cAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa > 1:4619382/1‑59 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaacaac < 1:3773969/37‑1 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAaacaac < 1:2567960/37‑1 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGa > 1:3219298/1‑60 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGa > 1:1683477/1‑60 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCAtttt < 1:534878/69‑1 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATTTTg > 1:2615704/1‑70 (MQ=255) aaCGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATATTg > 1:76378/1‑70 (MQ=255) aTGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTa < 1:3765145/50‑1 (MQ=255) aTGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATTTTg > 1:1263648/1‑62 (MQ=255) aTGTCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATTTTGCAACGCttt > 1:608961/1‑71 (MQ=255) aTGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCtt < 1:2524817/48‑1 (MQ=255) aTGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATTTTGCAACGCt < 1:4741437/69‑1 (MQ=255) | GCGACCAATGTCAGGGCCATCGCGGTTAATCGGCAGGGCAAAATTGTTGCCCGCGCCTCAACGCCTAATGCCAGCGATATCGCGATGGAAAACAACACCTGGCACCAGTGGTCTTTAGACGCCATTTTGCAACGCTTT > W3110S.gb/2936160‑2936297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |