| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,995,004 | T→C | 8.8% | N14D (AAT→GAT) | ygeO ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,995,004 | 0 | T | C | 8.8% | 187.8 / 9.6 | 68 | N14D (AAT→GAT) | ygeO | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/30); new base C (4/2); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGC > W3110S.gb/2994941‑2995073 | gTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTACAATTg > 1:1388649/1‑71 (MQ=255) ttCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAAtt < 1:4952616/69‑1 (MQ=255) tCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGtt > 1:2502884/1‑71 (MQ=255) cTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGtt > 1:2688977/1‑70 (MQ=255) cTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATCCCAATTGtt > 1:1620514/1‑70 (MQ=255) gCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATCCCAATTGTTTa < 1:1897797/70‑1 (MQ=255) gCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATCCCAATTGTTTa < 1:1710673/70‑1 (MQ=255) cAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTa < 1:995744/69‑1 (MQ=255) aaCCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCCCTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTg < 1:674210/70‑1 (MQ=255) aaCCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTg < 1:1592541/70‑1 (MQ=255) gATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTcc > 1:3623984/1‑48 (MQ=255) gATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGcccc > 1:3189938/1‑70 (MQ=255) aTAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAAtttt < 1:3306397/53‑3 (MQ=255) tAAAAGTGACACCCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCta > 1:4094747/1‑70 (MQ=255) aaaaGTGA‑GACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCtata > 1:4379608/1‑70 (MQ=255) aaaGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTa < 1:106369/53‑1 (MQ=255) aGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATAttt > 1:2329069/1‑71 (MQ=255) aGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATAttc > 1:2909436/1‑70 (MQ=255) gTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTc < 1:1527971/71‑1 (MQ=255) tGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATCCCaa > 1:325971/1‑42 (MQ=255) gACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATCCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTc > 1:4155066/1‑69 (MQ=255) aCCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGcc < 1:3306953/55‑1 (MQ=255) cACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATc > 1:2776761/1‑71 (MQ=255) cACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATc > 1:4662937/1‑71 (MQ=255) aCTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTa > 1:4045318/1‑41 (MQ=255) aCTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTa > 1:3731386/1‑41 (MQ=255) aCTGACTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTa > 1:1801371/1‑41 (MQ=255) tGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGttt < 1:1622881/38‑1 (MQ=255) tGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGa > 1:280595/1‑44 (MQ=255) tGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATAttt < 1:1549345/59‑1 (MQ=255) tGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATAttt < 1:888964/59‑1 (MQ=255) aGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTa > 1:1358467/1‑37 (MQ=255) aGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGtt < 1:1782348/70‑1 (MQ=255) gTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTAt < 1:1679339/71‑1 (MQ=255) tAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTAt < 1:4679027/36‑1 (MQ=255) tAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTAt < 1:1255579/36‑1 (MQ=255) tAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTAt < 1:5028894/70‑1 (MQ=255) tAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTACCCCTATATTTCCAGACATCt < 1:3591196/65‑1 (MQ=255) tAAACAGATCAATGGAAGAAAATTCCAATTGTTTAt < 1:2702792/36‑1 (MQ=255) aaCAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTAtt < 1:2306526/35‑1 (MQ=255) aaCAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTAtt < 1:1273809/35‑1 (MQ=255) aaCAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTAtt < 1:3669937/35‑1 (MQ=255) cAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTcc < 1:3711366/53‑1 (MQ=255) cAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 1:4783520/1‑70 (MQ=255) cAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 1:4777431/1‑70 (MQ=255) aGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTcc > 1:3783070/1‑52 (MQ=255) aTCATTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGt < 1:2872147/60‑1 (MQ=255) aTCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCtct > 1:2484356/1‑58 (MQ=255) aTCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGt > 1:3418713/1‑60 (MQ=255) aTCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGt > 1:4741543/1‑60 (MQ=255) tCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAcc < 1:3641798/71‑1 (MQ=255) tCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAcc < 1:4068928/71‑1 (MQ=255) cAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTa > 1:2723242/1‑67 (MQ=255) tGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCtat < 1:983144/39‑1 (MQ=255) tGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCtat < 1:230838/39‑1 (MQ=255) tGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGtt < 1:4932170/56‑1 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCAc > 1:1611726/1‑59 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCAc > 1:518219/1‑59 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:2567036/1‑70 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:1632065/1‑70 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:1429315/1‑70 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:3088670/1‑70 (MQ=255) gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:3003368/1‑70 (MQ=255) gTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGtt > 1:100678/1‑51 (MQ=255) gTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAg < 1:1945721/71‑1 (MQ=255) aaaTCCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGcc > 1:4984430/1‑71 (MQ=255) aaTTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGcc < 1:624735/70‑1 (MQ=255) aTTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGa > 1:4260074/1‑39 (MQ=255) ttCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGc > 1:2155463/1‑71 (MQ=255) tCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAt > 1:2455876/1‑40 (MQ=255) tCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTg < 1:2926354/43‑1 (MQ=255) tCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATc < 1:125498/48‑1 (MQ=255) | GTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGC > W3110S.gb/2994941‑2995073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |