| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,055,306 | C→T | 10.2% | T137I (ACC→ATC) | ygfA → | predicted ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,055,306 | 0 | C | T | 10.2% | 113.4 / 4.1 | 39 | T137I (ACC→ATC) | ygfA | predicted ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/22); new base T (2/2); total (15/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
TCACACCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGAAAAA > W3110S.gb/3055237‑3055376 | tCACACCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGAcc > 1:5045229/1‑71 (MQ=255) cacaCCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGAcc > 1:692119/1‑70 (MQ=255) cacaCCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGAcc > 1:1193670/1‑70 (MQ=255) cacaCCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGAcc > 1:3101474/1‑70 (MQ=255) cacaCCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGAcc > 1:2842001/1‑70 (MQ=255) cacaCCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCt > 1:3295744/1‑71 (MQ=255) acacCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCtt < 1:194999/71‑1 (MQ=255) cGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACa > 1:3300207/1‑70 (MQ=255) cTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACaaaa > 1:1090252/1‑71 (MQ=255) ggTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTTGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACt > 1:4688161/1‑71 (MQ=255) tttGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGATCTTACAAAGCTGgcagca > 1:1099044/1‑71 (MQ=255) tttGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGATCTTACAAAACTGgcagca > 1:1205460/1‑71 (MQ=255) tttGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACaa < 1:2814617/60‑1 (MQ=255) tttGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACaa < 1:2108934/60‑1 (MQ=255) ttGATGAGTGCGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCAc > 1:810712/1‑71 (MQ=255) gatgaGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACta > 1:2617388/1‑71 (MQ=255) tgaGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACtata < 1:3973255/71‑1 (MQ=255) tgaGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACtata < 1:3967341/71‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACg > 1:1133055/1‑70 (MQ=255) cGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACg > 1:4264943/1‑70 (MQ=255) cGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGc < 1:4543858/71‑1 (MQ=255) ggTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCa < 1:2321606/71‑1 (MQ=255) aGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGATCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAAcc < 1:1340528/70‑1 (MQ=255) cTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGgcagc < 1:3340213/49‑1 (MQ=255) ggAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGATCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGt < 1:3781431/69‑1 (MQ=255) ggAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGgcagca > 1:4614847/1‑47 (MQ=255) ggAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGgcagca > 1:1992353/1‑47 (MQ=255) gAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAAc > 1:916014/1‑38 (MQ=255) gAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAAc > 1:4181057/1‑38 (MQ=255) gAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTAt > 1:171155/1‑71 (MQ=255) cGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATg < 1:257330/71‑1 (MQ=255) ggtggtTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGa < 1:3368686/71‑1 (MQ=255) ggtggtTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGa < 1:834730/71‑1 (MQ=255) gtggtTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGa < 1:1302218/70‑1 (MQ=255) tttttATGATCTGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGc < 1:2392904/44‑1 (MQ=255) tttttATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGAtt < 1:4340913/68‑1 (MQ=255) tttATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATaaa < 1:2656927/38‑1 (MQ=255) tATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGt < 1:3530652/70‑1 (MQ=255) tGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGc < 1:4305598/38‑1 (MQ=255) tGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGc < 1:362527/38‑1 (MQ=255) tGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTtgg < 1:852189/71‑1 (MQ=255) gACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGaaa < 1:2745137/71‑1 (MQ=255) gACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGaaa < 1:2713554/71‑1 (MQ=255) gACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGaaa < 1:30306/71‑1 (MQ=255) ccTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCgg < 1:4249986/36‑1 (MQ=255) ccTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGaaaaa < 1:1460446/71‑1 (MQ=255) ccTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACCCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGaaaaa < 1:685130/71‑1 (MQ=255) | TCACACCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAAAACTGGCAGCACTATAAAACGCAACCGGTGGGTTATGCGCATGATTGTCAGTTGGTGGAAAAA > W3110S.gb/3055237‑3055376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |