| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,707,036 | G→A | 23.5% | A483T (GCC→ACC) | yieN → | fused predicted transcriptional regulators |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,707,036 | 0 | G | A | 23.5% | 138.2 / 38.2 | 68 | A483T (GCC→ACC) | yieN | fused predicted transcriptional regulators |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/33); new base A (5/11); total (24/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
AACACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAATGT > W3110S.gb/3706968‑3707105 | aaCACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagcc < 1:1939112/71‑1 (MQ=255)aaCACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagc > 1:4146358/1‑70 (MQ=255)aaCACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagc > 1:1424005/1‑70 (MQ=255) acacGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAaacca < 1:3212914/71‑1 (MQ=255) acacGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAaacca < 1:2025523/71‑1 (MQ=255) cacGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagccag > 1:4612536/1‑71 (MQ=255) cacGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAaaccag < 1:489895/71‑1 (MQ=255) ttATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTa > 1:2328297/1‑69 (MQ=255) tATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCATCCTAc < 1:1199023/69‑1 (MQ=255) tATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTAc < 1:4321122/69‑1 (MQ=255) tATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTAc < 1:3789377/69‑1 (MQ=255) tATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTAc < 1:2544411/69‑1 (MQ=255) aTTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAg < 1:877130/70‑1 (MQ=255) aTTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAg < 1:4894389/70‑1 (MQ=255) aTTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAg < 1:3511829/70‑1 (MQ=255) aGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGt < 1:849319/71‑1 (MQ=255) cGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGt < 1:3125713/69‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCTCATTGAAACCAGCCTACAg < 1:4652261/54‑1 (MQ=39) aaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACATGATGTCGGTGCACAGAtt < 1:2565015/71‑1 (MQ=255) tATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGca > 1:4690811/1‑70 (MQ=255) tATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGca > 1:3769294/1‑70 (MQ=255) tATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGca > 1:2742281/1‑70 (MQ=255) aTCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAgg < 1:2406308/43‑1 (MQ=255) ccTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaaca < 1:3551778/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaaca < 1:4677060/71‑1 (MQ=255) cTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaaca < 1:645443/70‑1 (MQ=255) cTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCAcaacaa < 1:2937372/71‑1 (MQ=255) cTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCAcaacaa < 1:2850625/71‑1 (MQ=255) cTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCAcaacaa < 1:1326746/71‑1 (MQ=255) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAgg < 1:4418142/61‑1 (MQ=255) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAAt > 1:3009957/1‑70 (MQ=255) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg > 1:3068769/1‑71 (MQ=255) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg > 1:878477/1‑71 (MQ=255) gCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGa < 1:385378/37‑1 (MQ=255) cGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:4379660/71‑1 (MQ=255) cGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:2375854/71‑1 (MQ=255) gACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATg > 1:4896627/1‑37 (MQ=255) gACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATg > 1:114764/1‑37 (MQ=255) gACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATg > 1:3477535/1‑37 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaac < 1:672939/61‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:2763644/67‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:4232475/67‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:3988925/67‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:2312112/67‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACg > 1:5121445/1‑71 (MQ=255) gTTAGGTCGCTTTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCt > 1:4054889/1‑71 (MQ=255) gTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGGACAACAATGCTAACGCt > 1:1456632/1‑71 (MQ=255) ttAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCAcaacaa > 1:4975021/1‑60 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTaa > 1:2079918/1‑64 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTa < 1:2281457/63‑1 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTgg < 1:400604/70‑1 (MQ=255) ggTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGa < 1:2770047/70‑1 (MQ=255) gTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAAc > 1:1112526/1‑63 (MQ=255) gCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGc < 1:1363098/71‑1 (MQ=255) gCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGc > 1:752929/1‑71 (MQ=255) cATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCt < 1:3235824/71‑1 (MQ=255) aTTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaac < 1:2234463/49‑1 (MQ=255) aTTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaac < 1:2273583/49‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGcc < 1:741238/39‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGcc < 1:2802643/39‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGcc < 1:642725/39‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAgg < 1:972909/42‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAgg < 1:1450858/42‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAgg < 1:2327806/42‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCATGCACAACAATGCTAACGCTGGATAc < 1:3863147/66‑1 (MQ=255) ttGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAAc < 1:1543528/57‑1 (MQ=255) ttGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTa < 1:4873028/71‑1 (MQ=255) tGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTaa > 1:1435817/1‑71 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGc > 1:1773722/1‑66 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTaa < 1:240417/70‑1 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt > 1:2583174/1‑71 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt > 1:3666875/1‑71 (MQ=255) gAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTaa > 1:2390082/1‑54 (MQ=255) gAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGc > 1:3923420/1‑66 (MQ=255) gAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt > 1:4917186/1‑71 (MQ=255) agccagccTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAtgt < 1:1462939/71‑1 (MQ=255) | AACACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAATGT > W3110S.gb/3706968‑3707105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |