| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,727,747 | T→C | 34.5% | V168V (GTT→GTC) | pstA → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,727,747 | 0 | T | C | 34.5% | 58.4 / 56.9 | 58 | V168V (GTT→GTC) | pstA | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/17); new base C (12/8); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
GGCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTGGGT > W3110S.gb/3727678‑3727816 | ggCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:4285790/1‑71 (MQ=255) gcgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCAt < 1:4220267/71‑1 (MQ=255) gcgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCAt < 1:4495509/71‑1 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATc < 1:267318/71‑1 (MQ=255) tGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATc < 1:2511337/65‑1 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:4556232/1‑53 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:455411/1‑53 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:597630/1‑53 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:3571702/1‑53 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:1233005/1‑53 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACa > 1:1155520/1‑71 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACa > 1:2336613/1‑71 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACa > 1:4743329/1‑71 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACa > 1:4461091/1‑71 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGAAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACa > 1:4505565/1‑71 (MQ=255) cTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:4057904/71‑1 (MQ=255) cTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:992182/71‑1 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaa < 1:1508626/69‑1 (MQ=255) gcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACt < 1:177656/71‑1 (MQ=255) gcgggcgTGATTGCCCTGGCGGTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa < 1:2225418/43‑1 (MQ=255) gcgggcgTGATTGCCCTGGCGGTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc < 1:4673812/70‑1 (MQ=255) cgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTg < 1:2265289/71‑1 (MQ=255) cgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCAGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGc < 1:2168761/71‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:1337942/1‑71 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:3908089/1‑71 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:2771031/1‑71 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:836853/1‑69 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:4321894/1‑69 (MQ=255) gCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTg > 1:3471773/1‑60 (MQ=255) gCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACa < 1:4611210/70‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAg > 1:845198/1‑71 (MQ=255) cTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGaa < 1:3987519/44‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCg < 1:567462/63‑1 (MQ=255) tGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTg > 1:2123980/1‑71 (MQ=255) tGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTg > 1:4872491/1‑71 (MQ=255) gCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:4833583/49‑1 (MQ=255) gCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:377263/49‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTg < 1:1443469/45‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTg < 1:5057779/45‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACa < 1:2893527/61‑1 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:1352815/44‑1 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:4261830/44‑1 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGt < 1:935836/67‑1 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTTCAGCCTGCGTGAAg > 1:653860/1‑71 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGc > 1:4508484/1‑61 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGc > 1:540191/1‑61 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAg > 1:1820857/1‑71 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:2489469/1‑71 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:2437426/1‑71 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCg > 1:1368562/1‑70 (MQ=255) cAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGc > 1:4665099/1‑71 (MQ=255) tGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAg > 1:3559312/1‑52 (MQ=255) tGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaa < 1:3765533/37‑1 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgcg > 1:308987/1‑71 (MQ=255) aTTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:3762176/1‑44 (MQ=255) tGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTgg > 1:3297348/1‑71 (MQ=255) tGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTgg > 1:3291640/1‑71 (MQ=255) tGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTg < 1:1543783/70‑1 (MQ=255) ttATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTGGGt < 1:3042580/71‑1 (MQ=255) | GGCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTGGGT > W3110S.gb/3727678‑3727816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |