| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 275,785 | G→A | 42.0% | V413I (GTA→ATA) | mmuP → | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 275,785 | 0 | G | A | 42.0% | 27.5 / 59.1 | 50 | V413I (GTA→ATA) | mmuP | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/10); new base A (13/8); total (32/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
TGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGT > W3110S.gb/275723‑275854 | tGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGt > 1:1054549/1‑71 (MQ=255)tGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGt > 1:2267282/1‑71 (MQ=255) gCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGtt > 1:2285559/1‑71 (MQ=255) tAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgt > 1:2293171/1‑71 (MQ=255) tAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgt > 1:4907845/1‑71 (MQ=255) gCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:3107480/71‑1 (MQ=255) gCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:386839/71‑1 (MQ=255) ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGcc < 1:1443813/67‑1 (MQ=255) ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2540284/71‑1 (MQ=255) gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgtgc > 1:781878/1‑64 (MQ=255) gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggtgg > 1:4028700/1‑71 (MQ=255) tGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgat > 1:2485386/1‑55 (MQ=255) tGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCt > 1:4689511/1‑71 (MQ=255) aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTAtt < 1:362552/43‑1 (MQ=255) aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt > 1:1485202/1‑71 (MQ=255) aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt > 1:2793376/1‑71 (MQ=255) aTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgcgct < 1:655463/54‑1 (MQ=39) ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgc < 1:655646/52‑1 (MQ=255) aCATTATCGCGCGCAGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg > 1:2604393/1‑49 (MQ=39) cATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTa > 1:195427/1‑39 (MQ=255) cATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTa > 1:2226506/1‑39 (MQ=255) cATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTg < 1:42253/70‑1 (MQ=255) aTTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt < 1:116030/65‑1 (MQ=255) aTTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt < 1:1599025/65‑1 (MQ=255) tATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgctgtg > 1:4158305/1‑50 (MQ=255) tATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc < 1:1754473/70‑1 (MQ=255) tATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCAAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCt > 1:239084/1‑71 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:4953362/1‑42 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:4374200/1‑42 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:3657807/1‑42 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:4061446/1‑42 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTg > 1:5060172/1‑71 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTg > 1:1651294/1‑71 (MQ=255) aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTg > 1:2009773/1‑71 (MQ=255) tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg < 1:191289/71‑1 (MQ=255) tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgctg > 1:1424655/1‑46 (MQ=255) cgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc > 1:2329338/1‑71 (MQ=255) ccGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGa > 1:342632/1‑71 (MQ=255) cGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGAt > 1:2765246/1‑71 (MQ=255) tGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgt < 1:2992893/37‑1 (MQ=255) tCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgcg < 1:1467473/70‑1 (MQ=255) cGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGc > 1:2832826/1‑40 (MQ=255) cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCa > 1:1979707/1‑68 (MQ=255) tGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTggg > 1:2717031/1‑47 (MQ=255) tGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCagag > 1:4307636/1‑70 (MQ=255) tGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCagag > 1:4833038/1‑70 (MQ=255) gTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAAt < 1:3446387/71‑1 (MQ=255) gTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAgaga < 1:4987874/69‑1 (MQ=255) gTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAgaga < 1:2630249/69‑1 (MQ=255) aGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGt < 1:2614559/71‑1 (MQ=255) | TGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGT > W3110S.gb/275723‑275854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |