| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,741,050 | G→A | 44.2% | G326D (GGC→GAC) | yieG → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,741,050 | 0 | G | A | 44.2% | 41.9 / 110.0 | 86 | G326D (GGC→GAC) | yieG | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/27); new base A (19/19); total (40/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTCGCCG > W3110S.gb/3740987‑3741117 | gTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCg < 1:3344558/70‑1 (MQ=255) gTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCg < 1:1103704/71‑1 (MQ=255) gTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCg < 1:2687306/71‑1 (MQ=255) tttATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTATCgg < 1:1251002/71‑1 (MQ=255) tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTc > 1:1251147/1‑71 (MQ=255) tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt < 1:4535319/70‑1 (MQ=255) tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTg < 1:1132520/71‑1 (MQ=255) tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTg < 1:637315/71‑1 (MQ=255) ggTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGa > 1:4380032/1‑70 (MQ=255) cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:2380595/70‑1 (MQ=255) cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:3992619/70‑1 (MQ=255) cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:1583592/70‑1 (MQ=255) cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:2535286/70‑1 (MQ=255) tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt > 1:1939470/1‑62 (MQ=255) tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt > 1:3870932/1‑62 (MQ=255) tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGt > 1:3033049/1‑71 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAg > 1:4291198/1‑69 (MQ=255) ttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACg < 1:4833499/47‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt < 1:1443844/38‑1 (MQ=255) tCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgtt < 1:2944342/54‑1 (MQ=255) ctctTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTgg > 1:3557477/1‑71 (MQ=255) ctctTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt > 1:797164/1‑48 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:3044129/1‑50 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:133624/1‑50 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:3891874/1‑50 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:3990309/1‑50 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTAt < 1:439843/70‑1 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:704517/1‑71 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:4966428/1‑71 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 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(MQ=255) ttGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTcgccg > 1:3963667/1‑71 (MQ=255) gCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGtt < 1:376679/43‑1 (MQ=255) | GTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTCGCCG > W3110S.gb/3740987‑3741117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |