| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,032,019 | C→T | 19.5% | D650N (GAC→AAC) | zntA ← | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,032,019 | 0 | C | T | 19.5% | 93.0 / 16.2 | 41 | D650N (GAC→AAC) | zntA | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/17); new base T (4/4); total (20/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
TCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCG > W3110S.gb/4031949‑4032083 | tCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCATCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc > 1:4365062/1‑71 (MQ=255) tCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCtgtg > 1:2752550/1‑71 (MQ=255) aTTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc > 1:1981014/1‑70 (MQ=255) tGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGc < 1:3329139/70‑1 (MQ=255) gCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTa > 1:1280453/1‑71 (MQ=255) gCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTa > 1:4644109/1‑71 (MQ=255) aCCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc < 1:3371290/71‑1 (MQ=255) aGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCt < 1:4400408/56‑1 (MQ=255) aGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc < 1:4662793/71‑1 (MQ=255) gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGa > 1:4995132/1‑71 (MQ=255) gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGa > 1:2924088/1‑71 (MQ=255) gggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGAt < 1:1440832/70‑1 (MQ=255) ggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATg > 1:867427/1‑71 (MQ=255) gtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATg < 1:1440217/70‑1 (MQ=255) tATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATggcg > 1:1652334/1‑71 (MQ=255) aTGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATggcgg > 1:2742468/1‑71 (MQ=255) tGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATggcgg < 1:820436/70‑1 (MQ=255) ttAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCt < 1:458486/71‑1 (MQ=255) aTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCttt < 1:4968004/70‑1 (MQ=255) aTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCttt < 1:4078223/70‑1 (MQ=255) tgctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCttt < 1:2670164/69‑1 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATgg > 1:5027665/1‑57 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCAt < 1:3466320/70‑1 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCAt < 1:1903057/70‑1 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCAt < 1:3539785/70‑1 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATc < 1:630365/71‑1 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATc > 1:3904171/1‑71 (MQ=255) cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGTCAGCTTTCATCGCt < 1:1013159/71‑1 (MQ=255) tCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATc < 1:1108396/66‑1 (MQ=255) ttCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCAt > 1:3970164/1‑57 (MQ=255) tCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtcgt > 1:3282195/1‑70 (MQ=255) tCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtcgt > 1:2443553/1‑70 (MQ=255) tCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtcgt < 1:3057547/70‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtcgt > 1:4630117/1‑70 (MQ=255) tCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtcgt > 1:3668373/1‑70 (MQ=255) tCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtcgt > 1:3927258/1‑70 (MQ=255) ccAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGtt < 1:2664014/70‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGtt < 1:330530/70‑1 (MQ=255) aGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGtt < 1:3733230/68‑1 (MQ=255) gcgcCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCa > 1:1689960/1‑51 (MQ=255) ccACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCg > 1:3758894/1‑71 (MQ=255) ccACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCg > 1:1593704/1‑71 (MQ=255) | TCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCG > W3110S.gb/4031949‑4032083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |