| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,057,230 | A→G | 9.2% | C49C (TGT→TGC) | yrhA ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,057,230 | 0 | A | G | 9.2% | 271.1 / 16.6 | 98 | C49C (TGT→TGC) | yrhA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/47); new base G (5/4); total (47/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GAATCCATCCATTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATAAATGAT > W3110S.gb/4057161‑4057299 | gAATCCATCCATTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTa < 1:2708626/70‑1 (MQ=255) atccatccATTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACAt < 1:2947483/71‑1 (MQ=255) atccatccATTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACAt < 1:3752184/71‑1 (MQ=255) atccatccATTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACAt < 1:1549158/71‑1 (MQ=255) tccatccaTTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACAt > 1:876414/1‑70 (MQ=255) catccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAAc > 1:4728952/1‑71 (MQ=255) atccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACt < 1:555514/71‑1 (MQ=255) tccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACtt < 1:562081/71‑1 (MQ=255) ccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACtt < 1:3374138/70‑1 (MQ=255) ccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtc > 1:4374765/1‑71 (MQ=255) ccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtc > 1:644060/1‑71 (MQ=255) ccatTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtc > 1:650128/1‑71 (MQ=255) catTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtct > 1:944171/1‑71 (MQ=255) gCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTGCATAACTtc > 1:44237/1‑66 (MQ=255) gCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTGCATAACTtc > 1:868294/1‑66 (MQ=255) gCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTGCATAACTtc > 1:1507421/1‑66 (MQ=255) gCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTGCATAACTTCTCCAg > 1:1994318/1‑71 (MQ=255) ctctTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAgg > 1:2277798/1‑71 (MQ=255) ctctTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAg < 1:2911281/70‑1 (MQ=255) ctTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGc > 1:2458926/1‑70 (MQ=255) ttAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtctc > 1:3282751/1‑64 (MQ=255) ttAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCa > 1:3839375/1‑66 (MQ=255) ttAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCa > 1:2538313/1‑66 (MQ=255) ttAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCaa > 1:5119454/1‑71 (MQ=255) ttAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCaa > 1:4105513/1‑71 (MQ=255) ttAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCaa > 1:381751/1‑71 (MQ=255) aaaaaaGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAAt > 1:2801574/1‑70 (MQ=255) aaaaaGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAAt < 1:3917537/69‑1 (MQ=255) aaaaGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAg < 1:366378/71‑1 (MQ=255) aGTGAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTg < 1:1628486/71‑1 (MQ=255) aGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCaa < 1:2333281/60‑1 (MQ=255) aGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCaa < 1:4852725/60‑1 (MQ=255) aGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaatt < 1:2102872/71‑1 (MQ=255) aGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaatt < 1:305376/71‑1 (MQ=255) aGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaat > 1:4839638/1‑70 (MQ=255) aGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaat > 1:4131177/1‑70 (MQ=255) gATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtctc < 1:1723595/52‑1 (MQ=255) gATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaatta < 1:2834193/71‑1 (MQ=255) gATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaatta < 1:3359414/71‑1 (MQ=255) aTAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAAtt > 1:3903177/1‑60 (MQ=255) aTAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTg > 1:4222175/1‑65 (MQ=255) tCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtctc < 1:684342/47‑1 (MQ=255) tCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTtctc < 1:4482111/47‑1 (MQ=255) tCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAAt < 1:4128865/55‑1 (MQ=255) aGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTg < 1:2091829/59‑1 (MQ=255) ttGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCTGGCaa > 1:4493148/1‑49 (MQ=255) ttGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCaa > 1:2823670/1‑49 (MQ=255) tGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAg > 1:2362399/1‑44 (MQ=255) tGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTc > 1:1925374/1‑71 (MQ=255) ttCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGc < 1:307983/43‑1 (MQ=255) ttCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGc < 1:4012783/43‑1 (MQ=255) ttCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTa > 1:957891/1‑70 (MQ=255) tCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCa > 1:5046706/1‑39 (MQ=255) tCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGc < 1:923515/42‑1 (MQ=255) cTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTAttt > 1:914681/1‑71 (MQ=255) ttAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaattagaatta < 1:2363040/60‑1 (MQ=255) ttAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCt < 1:1075182/66‑1 (MQ=255) ttAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTg > 1:4455140/1‑71 (MQ=255) ttAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTg > 1:1394522/1‑71 (MQ=255) tAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTg > 1:2948072/1‑70 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTGCATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTgg < 1:4983986/70‑1 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTGCATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTgg < 1:4978098/70‑1 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGc < 1:1224649/38‑1 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGc < 1:1763077/38‑1 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTg < 1:1326282/69‑1 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGa > 1:434945/1‑71 (MQ=255) aaaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGa > 1:256849/1‑71 (MQ=255) aaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTAtt > 1:2016254/1‑66 (MQ=255) aaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGa < 1:2604030/70‑1 (MQ=255) aaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGAt < 1:1653626/71‑1 (MQ=255) aaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGAt < 1:437871/71‑1 (MQ=255) aaaaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGAt < 1:52035/71‑1 (MQ=255) aaaGAATACTAACTTCATTGCATAACTTCTCCAGGCAATTa < 1:4656241/41‑1 (MQ=255) aaGAATACTAACTTCATTGCATAACTTCTCCAGGCATTTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTgg < 1:4978099/67‑1 (MQ=255) aaGAATACTAACTTCATTGCATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaa > 1:3712188/1‑46 (MQ=255) aaGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATta < 1:4383116/71‑1 (MQ=255) cTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACttt > 1:3464145/1‑70 (MQ=255) tAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCt < 1:99252/53‑1 (MQ=255) tAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCt < 1:2035574/53‑1 (MQ=255) tAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTc > 1:3792335/1‑70 (MQ=255) aaCTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCaa > 1:3257967/1‑71 (MQ=255) aaCTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCa > 1:1651899/1‑70 (MQ=255) aCTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCaa > 1:2167578/1‑70 (MQ=255) aCTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAAt < 1:2402045/71‑1 (MQ=255) cTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaattagaatt < 1:5147403/43‑1 (MQ=255) cTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaattag < 1:4938006/39‑1 (MQ=255) cTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaattag < 1:5127940/39‑1 (MQ=255) cTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaattag < 1:1292551/39‑1 (MQ=255) ttCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGa > 1:1740681/1‑56 (MQ=255) tCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTgaatta > 1:436732/1‑36 (MQ=255) tCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTAttt > 1:4458837/1‑52 (MQ=255) tCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATaaa > 1:1813859/1‑71 (MQ=255) acATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTGAATTCTAttt > 1:1805915/2‑52 (MQ=255) cATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATaa < 1:1664083/69‑1 (MQ=255) cATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATaa < 1:2122833/69‑1 (MQ=255) aTTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATAAAt < 1:3567026/70‑1 (MQ=255) aTTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATAAAt < 1:2878519/70‑1 (MQ=255) ttACATAACTTCTCCAGGAAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGAt < 1:4285338/53‑1 (MQ=255) tACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAAt < 1:1860574/41‑1 (MQ=255) aCATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATAAATGAt < 1:5106305/70‑1 (MQ=255) | GAATCCATCCATTGCTCTTAAAAAAGTAAGATAATCAGGTTGATTCTTAAAAAGAATACTAACTTCATTACATAACTTCTCCAGGCAATTAGTTGAATTAGAATTAAATTCTATTTGGATTATACTTTCAATAAATGAT > W3110S.gb/4057161‑4057299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |