| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,064,477 | A→G | 22.2% | E374E (GAA→GAG) | gntU → | gluconate transporter, low affinity GNT 1 system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,064,477 | 0 | A | G | 22.2% | 68.3 / 17.0 | 36 | E374E (GAA→GAG) | gntU | gluconate transporter, low affinity GNT 1 system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/14); new base G (6/2); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTG > W3110S.gb/4064407‑4064544 | tGCGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaa < 1:3593207/71‑1 (MQ=255) cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:1351616/71‑1 (MQ=255) cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:4033049/71‑1 (MQ=255) cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:3960401/71‑1 (MQ=255) cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaac > 1:85141/1‑70 (MQ=255) gcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaacaa < 1:1042830/71‑1 (MQ=255) atTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGaa > 1:1028131/1‑71 (MQ=255) aGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAactac < 1:676746/71‑1 (MQ=255) aGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAactac < 1:4144373/71‑1 (MQ=255) tCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCgg > 1:869949/1‑71 (MQ=255) cTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAacta > 1:3525898/1‑64 (MQ=255) cACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg > 1:2640840/1‑70 (MQ=255) aCCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcgc > 1:30871/1‑70 (MQ=255) gTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGaa > 1:2865963/1‑53 (MQ=255) tGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGagcaa > 1:1280046/1‑42 (MQ=255) gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcggc > 1:493050/1‑70 (MQ=255) gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGgcggcg > 1:4843421/1‑71 (MQ=255) aaCGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGt > 1:134017/1‑71 (MQ=255) aCGGCGGTAGGACTGGTGATGCCTGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCaaa > 1:1508032/1‑58 (MQ=255) gcggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGAt < 1:3647731/71‑1 (MQ=255) ggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcgc < 1:2457554/50‑1 (MQ=255) gTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcgg < 1:3520631/58‑1 (MQ=255) tAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCaa > 1:2727333/1‑50 (MQ=255) tAGGACAGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCaa > 1:3946010/1‑50 (MQ=255) aGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAGCTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt < 1:2506478/70‑1 (MQ=255) aGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGgcggcg > 1:1846595/1‑58 (MQ=255) tGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCa < 1:4599658/43‑1 (MQ=255) gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtgg > 1:4527433/1‑71 (MQ=255) gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtg > 1:360442/1‑70 (MQ=255) gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtg < 1:1719579/70‑1 (MQ=255) gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCt < 1:3531470/69‑1 (MQ=255) tGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcgc < 1:1774349/39‑1 (MQ=255) gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg < 1:1729805/37‑1 (MQ=255) gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg < 1:64315/37‑1 (MQ=255) gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg < 1:4476608/37‑1 (MQ=255) aTGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCaaa > 1:4966635/1‑40 (MQ=255) ccGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGT‑CGCAAATGGCGGCGCTGTCGAttt > 1:3792961/1‑54 (MQ=38) ccGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTc > 1:726187/1‑71 (MQ=255) tATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATgg > 1:2888933/1‑35 (MQ=255) tATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttg > 1:4099645/1‑71 (MQ=255) ttGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgtt < 1:3587388/71‑1 (MQ=255) gAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgttg < 1:2298397/70‑1 (MQ=255) gAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgtt < 1:563834/69‑1 (MQ=255) acaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt > 1:2261579/1‑46 (MQ=255) acaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTa > 1:3876341/1‑47 (MQ=255) acaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTa > 1:258723/1‑47 (MQ=255) | TGCGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTG > W3110S.gb/4064407‑4064544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |