| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,079,866 | T→C | 5.1% | Y19H (TAT→CAT) | glpR → | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,079,866 | 0 | T | C | 5.1% | 223.7 / 3.4 | 79 | Y19H (TAT→CAT) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/44); new base C (2/2); total (33/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
CAGGGATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTCGCCGCGACCTCAAT > W3110S.gb/4079799‑4079934 | cAGGGATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTAt < 1:2089378/70‑1 (MQ=255)cAGGGATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTAt < 1:1511135/70‑1 (MQ=255) gggATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGt > 1:2234606/1‑70 (MQ=255) gggATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTc < 1:4065104/71‑1 (MQ=255) gggATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTc < 1:4455687/71‑1 (MQ=255) tttATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTa > 1:56098/1‑71 (MQ=255) ataAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTc < 1:1955255/64‑1 (MQ=255) ataAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTAcc > 1:689179/1‑70 (MQ=255) ataAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTAcc > 1:3089406/1‑70 (MQ=255) ataAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTAcc > 1:4341086/1‑70 (MQ=255) aaacaaacACAACGTCACAACGGTATTATTGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTc < 1:3908704/57‑1 (MQ=255) aaacaaacACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGc > 1:3061818/1‑70 (MQ=255) acaaacaCAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTgg < 1:3711526/71‑1 (MQ=255) acaaacaCAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTgg < 1:2634121/71‑1 (MQ=255) acaACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGc < 1:1914878/71‑1 (MQ=255) acaACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGc < 1:2469687/71‑1 (MQ=255) caACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCa < 1:720960/71‑1 (MQ=255) aCGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCAtt > 1:1438863/1‑71 (MQ=255) 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cGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGt > 1:6772/1‑69 (MQ=255) cGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCa < 1:1945873/71‑1 (MQ=255) ggTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCa > 1:346274/1‑70 (MQ=255) gTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTagag > 1:4577797/1‑56 (MQ=255) tattatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTCATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGcc > 1:2103067/1‑71 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAagag < 1:2916434/44‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAagag < 1:2972682/44‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAagag < 1:3987412/44‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAagag < 1:3962445/44‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCa < 1:237693/55‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCa < 1:3568222/55‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCa < 1:4863305/55‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCAttt < 1:3293660/58‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAg < 1:3113853/67‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAg < 1:2882927/67‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg < 1:3862570/71‑1 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg > 1:375719/1‑71 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg > 1:3202888/1‑71 (MQ=255) ttatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTCATGTCAGTACCGAagag < 1:539383/44‑1 (MQ=255) tatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCt < 1:2570923/45‑1 (MQ=255) tatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCt < 1:3389184/45‑1 (MQ=255) tatCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCt < 1:3283194/45‑1 (MQ=255) atCGACCTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTgg < 1:1295347/46‑1 (MQ=255) atCGAACTGGTTAATCAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTtctc > 1:707304/1‑59 (MQ=255) atCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTgg < 1:3768506/46‑1 (MQ=255) atCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGt > 1:375415/1‑47 (MQ=255) atCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACAGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg > 1:4501891/1‑69 (MQ=255) tCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTtct < 1:213045/57‑1 (MQ=255) tCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg > 1:1470353/1‑68 (MQ=255) tCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg > 1:2644749/1‑68 (MQ=255) cGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGa > 1:3353191/1‑71 (MQ=255) cGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGa > 1:4731220/1‑71 (MQ=255) gAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGAc < 1:475780/71‑1 (MQ=255) gAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGAc > 1:137748/1‑71 (MQ=255) aCTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTa < 1:2006411/71‑1 (MQ=255) aCTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTa < 1:3386896/71‑1 (MQ=255) cTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAg > 1:1767343/1‑59 (MQ=255) cTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACt < 1:26719/69‑1 (MQ=255) cTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACt < 1:3572158/69‑1 (MQ=255) cTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTAt > 1:1895597/1‑71 (MQ=255) gTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTc < 1:1298679/70‑1 (MQ=255) tAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTa > 1:2710715/1‑37 (MQ=255) aaCAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTcgccgc > 1:4409705/1‑71 (MQ=255) aaCAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTcgccgc > 1:3819881/1‑71 (MQ=255) aCAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTcgccgcc < 1:2993718/71‑2 (MQ=255) aCAGCAGGGTCATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCg > 1:5018733/1‑55 (MQ=255) cagcagGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTagag < 1:2038571/36‑1 (MQ=255) agcagGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTCGCCGCGAc > 1:789040/1‑71 (MQ=255) agGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTCGCCGCGACCt > 1:2422028/1‑70 (MQ=255) gggTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGt < 1:691116/42‑1 (MQ=255) ttATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTCGCCGCGACCTCAAt > 1:526411/1‑70 (MQ=255) | CAGGGATTTATAAATGAAACAAACACAACGTCACAACGGTATTATCGAACTGGTTAAACAGCAGGGTTATGTCAGTACCGAAGAGCTGGTAGAGCATTTCTCCGTCAGCCCGCAGACTATTCGCCGCGACCTCAAT > W3110S.gb/4079799‑4079934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |