| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,094,617 | G→A | 48.2% | L60L (CTG→TTG) | gntY ← | predicted gluconate transport associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,094,617 | 0 | G | A | 48.2% | 3.8 / 80.8 | 56 | L60L (CTG→TTG) | gntY | predicted gluconate transport associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/15); new base A (12/15); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
GGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATT > W3110S.gb/4094549‑4094682 | ggTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGt > 1:3449525/1‑71 (MQ=255) tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCa < 1:3210486/71‑1 (MQ=255) tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCa < 1:1739388/71‑1 (MQ=255) aCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaaa > 1:1655454/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt > 1:3003925/1‑71 (MQ=255) aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt > 1:738592/1‑69 (MQ=255) gATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAg > 1:4502027/1‑69 (MQ=255) gATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAg > 1:5058856/1‑69 (MQ=255) aTCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAttt < 1:4350283/65‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag < 1:1379274/51‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag < 1:652005/51‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa < 1:4694137/55‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAttt > 1:5009095/1‑60 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTgtgt > 1:1531528/1‑71 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTgtgt > 1:5071097/1‑71 (MQ=255) gCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag > 1:814081/1‑50 (MQ=255) cATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:2294369/70‑1 (MQ=255) ttCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAg > 1:1476442/1‑57 (MQ=255) ttCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTgg > 1:2005707/1‑71 (MQ=255) ttCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:4978836/1‑68 (MQ=255) ccAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGc < 1:1351661/70‑1 (MQ=255) aGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTc < 1:4469136/71‑1 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTTTGTc < 1:1606467/60‑1 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:355743/60‑1 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:349748/60‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAgg > 1:443795/1‑49 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:496989/57‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:4137143/57‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCa < 1:1312542/47‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCa < 1:3285846/47‑1 (MQ=255) ggTGCTCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:2397497/45‑1 (MQ=38) ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:5145719/45‑1 (MQ=255) ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:3032669/45‑1 (MQ=255) ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:1997428/45‑1 (MQ=255) ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:2039440/45‑1 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCg > 1:185365/1‑71 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:2945553/55‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAttt < 1:2148811/42‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:588660/54‑1 (MQ=255) gcgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:1829083/1‑55 (MQ=255) gcgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:2179430/1‑55 (MQ=255) gcgcTTAACTCATAAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:1706755/1‑55 (MQ=255) ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:4118216/50‑1 (MQ=255) ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:1871875/50‑1 (MQ=255) tAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg > 1:343912/1‑71 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt > 1:3709263/1‑50 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt > 1:3727578/1‑50 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg < 1:1334007/70‑1 (MQ=255) aCTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGc > 1:3218474/1‑52 (MQ=255) tcatcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:234497/1‑46 (MQ=255) atcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:4276630/1‑53 (MQ=255) atcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:260837/1‑53 (MQ=255) tcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt < 1:2330765/44‑1 (MQ=255) caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:4957851/1‑51 (MQ=255) caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:1087692/1‑51 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa < 1:2068210/71‑1 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa < 1:2836990/71‑1 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca < 1:3251039/49‑1 (MQ=255) aTACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGaaa < 1:728380/71‑1 (MQ=255) cagcaaGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:2349116/1‑71 (MQ=255) cagcaaGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:1240537/1‑71 (MQ=255) agcagGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:167991/1‑70 (MQ=255) | GGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATT > W3110S.gb/4094549‑4094682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |