| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,281,027 | T→C | 30.8% | intergenic (‑52/‑34) | soxS ← / → soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator/DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,281,027 | 0 | T | C | 30.8% | 66.1 / 44.0 | 52 | intergenic (‑52/‑34) | soxS/soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator/DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/24); new base C (8/8); total (20/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
ATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCT > W3110S.gb/4280959‑4281095 | atTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGtata > 1:292084/1‑70 (MQ=255)atTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGtata < 1:4752079/70‑1 (MQ=255)atTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATaa > 1:4556220/1‑71 (MQ=255) ttttCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAAt < 1:4160587/71‑1 (MQ=255) ggACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGtt < 1:2352111/71‑1 (MQ=255) ggACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGtt < 1:1821442/71‑1 (MQ=255) cATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAAc < 1:3733993/71‑1 (MQ=255) aTAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCa < 1:4174743/63‑1 (MQ=255) tAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAAt < 1:643332/56‑1 (MQ=255) aaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGTGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACtt > 1:1753229/1‑69 (MQ=255) aTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAg > 1:2649464/1‑71 (MQ=255) aTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAg > 1:2535827/1‑71 (MQ=255) aTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAg > 1:4316336/1‑71 (MQ=255) tCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:1584804/68‑1 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa < 1:866852/69‑1 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa < 1:197042/69‑1 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa < 1:4481059/69‑1 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa > 1:1675134/1‑69 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa > 1:4629623/1‑69 (MQ=255) ctctTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCa < 1:3350615/53‑1 (MQ=255) tctTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:4156611/62‑1 (MQ=255) ctTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGc > 1:1610343/1‑70 (MQ=255) ttttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAgg < 1:3823460/63‑1 (MQ=255) ttttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAAt > 1:4167298/1‑44 (MQ=255) ttttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAAt > 1:4124069/1‑44 (MQ=255) ttttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAAt > 1:90833/1‑44 (MQ=255) ttttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGa > 1:4708218/1‑71 (MQ=255) ttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa > 1:594352/1‑63 (MQ=255) ttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACATGAGGTa > 1:977588/1‑63 (MQ=255) tCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAgg < 1:2517230/60‑1 (MQ=255) aGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTa < 1:4179065/70‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCa < 1:4381047/41‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTa < 1:615651/46‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGc < 1:3752699/60‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGc < 1:1147192/60‑1 (MQ=255) cAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAg > 1:1112390/1‑41 (MQ=255) cAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa < 1:489900/54‑1 (MQ=255) aGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGaaaa < 1:1749138/70‑1 (MQ=255) gTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCTTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGa < 1:910142/71‑1 (MQ=255) ttCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGaa < 1:1131565/71‑1 (MQ=255) cGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAAt > 1:1685971/1‑71 (MQ=255) gTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTaa < 1:4920747/39‑1 (MQ=255) gTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:111385/43‑1 (MQ=255) gTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:1684204/43‑1 (MQ=255) tAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAAc > 1:1772208/1‑38 (MQ=255) tAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAg > 1:213421/1‑43 (MQ=255) aaTTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGa < 1:1298860/64‑1 (MQ=255) tCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGa < 1:625285/58‑1 (MQ=255) tCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCAt > 1:3646550/1‑71 (MQ=255) ttGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGAt > 1:2969375/1‑42 (MQ=255) ttGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTa < 1:2828240/69‑1 (MQ=255) ttGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTa < 1:2569319/69‑1 (MQ=255) ttGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTa < 1:891075/69‑1 (MQ=255) ggggAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAg < 1:4114449/70‑1 (MQ=255) tataATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCgctgct < 1:2009641/71‑1 (MQ=255) tataATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCgctgc > 1:3955633/1‑70 (MQ=255) taATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGaaa > 1:2055101/1‑46 (MQ=255) taATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGaaa > 1:1830851/1‑46 (MQ=255) taATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGa < 1:2952998/44‑1 (MQ=255) taATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGa < 1:3639271/44‑1 (MQ=255) taATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAAt < 1:2155883/47‑1 (MQ=255) | ATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCT > W3110S.gb/4280959‑4281095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |