| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,350,232 | G→A | 43.5% | R3C (CGC→TGC) | yjdF ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,350,232 | 0 | G | A | 43.5% | 41.6 / 109.5 | 85 | R3C (CGC→TGC) | yjdF | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/29); new base A (8/29); total (27/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-02 | |||||||||||
ATGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGCAA > W3110S.gb/4350162‑4350302 | aTGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCg > 1:320593/1‑71 (MQ=255) tGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCgg < 1:4240453/71‑1 (MQ=255) gCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCggg > 1:4099524/1‑71 (MQ=255) ccGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGt > 1:4697660/1‑71 (MQ=255) ccGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGt > 1:2690030/1‑71 (MQ=255) gTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCAt < 1:2318081/71‑1 (MQ=255) gTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCAt < 1:2256120/71‑1 (MQ=255) gTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCAt < 1:1915308/71‑1 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:231903/71‑1 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:646683/71‑1 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:34315/71‑1 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCg < 1:2944855/62‑1 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCg < 1:3540494/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:4805170/1‑69 (MQ=255) aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTg < 1:637289/70‑1 (MQ=255) aTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAg < 1:3101546/71‑1 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:4923722/1‑67 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:3806560/1‑67 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt < 1:4462543/71‑1 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt > 1:597532/1‑71 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt < 1:609119/71‑1 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGt < 1:2381480/71‑1 (MQ=255) ttAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCa > 1:156334/1‑70 (MQ=255) aaCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt > 1:2534703/1‑71 (MQ=255) aaCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGAGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt > 1:2260234/1‑71 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGAAAAt < 1:931806/70‑1 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATc < 1:339912/71‑1 (MQ=255) cGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:4197320/71‑1 (MQ=255) ttAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAg < 1:4301115/58‑1 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:2386816/62‑1 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:111561/62‑1 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAggg > 1:3278299/1‑70 (MQ=255) gCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:833357/71‑1 (MQ=255) cGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:4299108/70‑1 (MQ=255) gTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa < 1:3282008/71‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCa > 1:4564477/1‑45 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATc < 1:1118249/62‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCaa < 1:1733450/59‑1 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:4635193/1‑62 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:130358/1‑62 (MQ=255) gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACt < 1:178229/71‑1 (MQ=255) gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACt < 1:4950051/71‑1 (MQ=255) gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACt < 1:4955977/71‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt < 1:4389406/67‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:3569360/59‑1 (MQ=255) cgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGAc > 1:4527110/1‑71 (MQ=255) gtgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTAt < 1:2847108/69‑1 (MQ=255) tgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:4549330/56‑1 (MQ=255) tgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTc < 1:1617294/70‑1 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGa > 1:3955103/1‑62 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGAc < 1:259594/63‑1 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:329546/44‑1 (MQ=255) aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAg > 1:332505/1‑71 (MQ=255) aGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAg < 1:1560775/35‑1 (MQ=255) aGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAg < 1:2571456/35‑1 (MQ=255) aGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAg < 1:4249312/35‑1 (MQ=255) gAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:1522489/50‑1 (MQ=255) aaTTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGc > 1:2205949/1‑69 (MQ=255) aTTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAg > 1:1599845/1‑71 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:699060/37‑1 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAggg < 1:3317264/45‑1 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:3197730/47‑1 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:872789/1‑71 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:2185026/1‑71 (MQ=255) tAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa < 1:59795/48‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa > 1:417487/1‑47 (MQ=255) aaCGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa > 1:2183204/1‑47 (MQ=255) aaCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCa > 1:1279533/1‑63 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:4211821/39‑1 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:2498508/39‑1 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:4061897/39‑1 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:1716344/39‑1 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATAATGACTATTCACCAGCAAGCGTGa < 1:4038791/71‑1 (MQ=255) gCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaa < 1:4595182/70‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaaa < 1:3440208/70‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAAt < 1:2124494/71‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAAt < 1:2341206/71‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAAt > 1:58690/1‑71 (MQ=255) cTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCaa < 1:622618/62‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAAt < 1:1241843/71‑1 (MQ=255) cTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAAt < 1:4069979/71‑1 (MQ=255) ttGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:557239/1‑35 (MQ=255) ttGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATAc > 1:590551/1‑44 (MQ=255) ttGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:1803023/39‑1 (MQ=255) tgCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCg < 1:1715636/71‑1 (MQ=255) tgCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGa < 1:146494/60‑1 (MQ=255) tgCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGa < 1:3332254/60‑1 (MQ=255) cGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGc < 1:2166020/70‑1 (MQ=255) cGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGc < 1:1498172/70‑1 (MQ=255) cGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGc > 1:4350280/1‑70 (MQ=255) gggTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGCaa < 1:3605986/71‑1 (MQ=255) | ATGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGCAA > W3110S.gb/4350162‑4350302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |