| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 47,858 | G→A | 42.3% | S30S (TCG→TCA) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 47,858 | 0 | G | A | 42.3% | 39.7 / 88.0 | 71 | S30S (TCG→TCA) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/20); new base A (15/15); total (36/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
AGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGA > W3110S.gb/47791‑47920 | aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:3862790/71‑1 (MQ=255)aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:3876914/71‑1 (MQ=255)aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:4257212/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGt < 1:1567165/69‑1 (MQ=255) cTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTa < 1:170001/66‑1 (MQ=255) gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTAc > 1:604680/1‑65 (MQ=255) gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTAc > 1:4040985/1‑65 (MQ=255) gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTAc > 1:5073016/1‑65 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:97908/70‑1 (MQ=255) ttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTAcc > 1:1736480/1‑71 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1111715/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTg < 1:3737205/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTg < 1:1907904/70‑1 (MQ=255) ctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:1261953/68‑1 (MQ=255) ctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:2289999/68‑1 (MQ=255) ctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGAt > 1:4937374/1‑71 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATc > 1:2208433/1‑71 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTTGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTg < 1:891220/66‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCg < 1:4593115/70‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTg < 1:356001/66‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGc < 1:2075099/71‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGc > 1:2763874/1‑71 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGCCTACCTg < 1:1357190/66‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTa < 1:2094555/51‑1 (MQ=255) ggCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACt > 1:2109545/1‑51 (MQ=255) ggCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACt > 1:1489904/1‑51 (MQ=255) ggCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACt > 1:3045739/1‑51 (MQ=255) gCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTa > 1:2042441/1‑48 (MQ=255) aGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCa > 1:3114218/1‑71 (MQ=255) gcgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:4438496/71‑1 (MQ=255) cTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGa < 1:352629/55‑1 (MQ=255) cTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGa < 1:590176/55‑1 (MQ=255) gATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa > 1:1310771/1‑40 (MQ=255) actGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTgg > 1:1809734/3‑71 (MQ=255) aTTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTgg > 1:3559412/1‑71 (MQ=255) ttGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTgg > 1:2433549/1‑70 (MQ=255) tGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTAc > 1:4886329/1‑38 (MQ=255) gTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGa > 1:849836/1‑49 (MQ=255) gTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat > 1:1192613/1‑62 (MQ=255) aCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTg > 1:2986508/1‑65 (MQ=255) cATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTggg > 1:3092069/1‑71 (MQ=255) aTTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTgggg > 1:894969/1‑71 (MQ=255) aTTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTgggg > 1:4837657/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCg < 1:4700306/45‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCattatt < 1:5136212/59‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGt < 1:1919384/66‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGt < 1:898583/66‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGt < 1:194356/66‑1 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGcc > 1:1817235/1‑45 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGcc > 1:1906241/1‑45 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGcc > 1:3529886/1‑45 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCt > 1:597112/1‑71 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCt > 1:3595970/1‑71 (MQ=255) gCGGAACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGc > 1:453033/1‑70 (MQ=255) cGGTACGTCTTGGTCTGTGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCt < 1:4629620/70‑1 (MQ=255) tACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatta > 1:4450924/1‑51 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGt > 1:2392619/1‑58 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTg > 1:2386686/1‑59 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTTGGGGCTGCGAc < 1:2113944/70‑1 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGAc < 1:3240786/70‑1 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGAc < 1:3865801/70‑1 (MQ=255) gTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:3721929/46‑1 (MQ=255) ggTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatta > 1:826090/1‑43 (MQ=255) ggTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatta > 1:3788778/1‑43 (MQ=255) gTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGAcc < 1:2325530/71‑1 (MQ=255) gTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGAcc < 1:804605/71‑1 (MQ=255) gTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGAcc < 1:3866434/71‑1 (MQ=255) cTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGa > 1:5006933/1‑71 (MQ=255) gggATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCattatt < 1:4809954/40‑1 (MQ=255) gATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGa > 1:573946/1‑63 (MQ=255) aTCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGt < 1:145654/44‑1 (MQ=255) | AGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGA > W3110S.gb/47791‑47920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |