| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,519,843 | G→A | 6.4% | S506L (TCA→TTA) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,519,843 | 0 | G | A | 6.4% | 304.2 / 7.9 | 93 | S506L (TCA→TTA) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/44); new base A (3/3); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCA > W3110S.gb/4519775‑4519909 | tCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGAc > 1:39659/1‑71 (MQ=255)tCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGAc > 1:2635873/1‑71 (MQ=255) cAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACt > 1:2601175/1‑71 (MQ=255) cAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACt > 1:765258/1‑71 (MQ=255) aaCGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTc > 1:4728184/1‑71 (MQ=255) aCGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCg < 1:1679204/71‑1 (MQ=255) ggAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATg < 1:4051051/71‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTTGTATGACTCGa > 1:4939925/1‑66 (MQ=255) aGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGtt > 1:103830/1‑70 (MQ=255) aGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTc > 1:5107990/1‑71 (MQ=255) gctgTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCTATATGTTCg < 1:3338753/68‑1 (MQ=255) gCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGa < 1:2383062/63‑1 (MQ=255) gCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGa < 1:1936078/63‑1 (MQ=255) gttGCGTTATAGCTCTCTTGTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATATCTGGATATGTTCGa < 1:386695/68‑1 (MQ=255) ggTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGtt > 1:2966185/1‑67 (MQ=255) ggTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGtt > 1:439332/1‑67 (MQ=255) ggTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGtt > 1:1434025/1‑67 (MQ=255) gTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGaaa > 1:1181370/1‑71 (MQ=255) gTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGaaa > 1:774628/1‑71 (MQ=255) gCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGa > 1:1899879/1‑53 (MQ=255) gCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGa > 1:2483799/1‑53 (MQ=255) gCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGa > 1:4432928/1‑53 (MQ=255) gCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAAc < 1:3716132/70‑1 (MQ=255) gCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATAACTCGATATGTTCGa < 1:4241821/67‑1 (MQ=255) gCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATAACTCGATATGTTCGa < 1:4935737/67‑1 (MQ=255) cGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGatat > 1:1250720/1‑60 (MQ=255) cGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATg < 1:1340232/61‑1 (MQ=255) gTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa < 1:1243671/71‑1 (MQ=255) gTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa < 1:4397809/71‑1 (MQ=255) gTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa < 1:22612/71‑1 (MQ=255) ttATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGa < 1:5100397/50‑1 (MQ=255) ttATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTc < 1:594787/53‑1 (MQ=255) ttATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACg < 1:4097926/68‑1 (MQ=255) tataGCTCTCTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACtgg < 1:883952/53‑3 (MQ=255) tataGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATa > 1:2546728/1‑71 (MQ=255) ataGCTCGCTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGaa < 1:4857183/63‑1 (MQ=255) ataGCTCACTTCTTCGTTCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGa > 1:3971967/1‑53 (MQ=255) ataGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATa > 1:1820237/1‑70 (MQ=255) ataGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATAc > 1:3933713/1‑71 (MQ=255) ataGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATAc > 1:366065/1‑71 (MQ=255) aGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATAccc > 1:601646/1‑71 (MQ=255) aCTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATa < 1:4831386/63‑1 (MQ=255) aCTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGt < 1:1558396/71‑1 (MQ=255) cttcttCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGt < 1:2866354/70‑1 (MQ=255) cttcttCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGt < 1:2129058/70‑1 (MQ=255) ttcttcGTGCGTGCCTTTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAAc < 1:3794158/56‑1 (MQ=255) ttcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGat < 1:4436900/45‑1 (MQ=255) ttcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGat < 1:612573/45‑1 (MQ=255) ttcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGat < 1:1366672/45‑1 (MQ=255) ttcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAAc < 1:3671320/56‑1 (MQ=255) ttcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGt < 1:14639/69‑1 (MQ=255) tcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGaaa > 1:436007/1‑54 (MQ=255) tcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGaaa > 1:3009358/1‑54 (MQ=255) tcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGaaa > 1:1847246/1‑54 (MQ=255) tcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGAt > 1:3852620/1‑71 (MQ=255) tcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATAACTCGATATGtt > 1:4978132/1‑49 (MQ=255) tcttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATAACTCGATATGtt > 1:3869982/1‑49 (MQ=255) cttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGc > 1:4039474/1‑65 (MQ=255) cttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGa > 1:981262/1‑69 (MQ=255) cttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGa < 1:3948783/69‑1 (MQ=255) cttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATg > 1:413939/1‑71 (MQ=255) ttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGa < 1:2733457/50‑1 (MQ=255) ttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACg < 1:4629233/54‑1 (MQ=255) ttcGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACg < 1:776928/54‑1 (MQ=255) gtgcgtgcCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTcc < 1:4418477/71‑1 (MQ=255) gtgcgtgcCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTcc < 1:622352/71‑1 (MQ=255) tgcCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGtt < 1:2410631/70‑1 (MQ=255) gcCTGTTATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa > 1:6493/1‑47 (MQ=255) gcCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa > 1:126128/1‑47 (MQ=255) gcCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa > 1:2056379/1‑47 (MQ=255) gcCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCa > 1:2516123/1‑47 (MQ=255) gtgATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGAt > 1:3624493/1‑71 (MQ=255) gtgATGGCGTTGTTCTGGTATAACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGAt > 1:1963579/1‑71 (MQ=255) tgATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGAtt > 1:390195/1‑70 (MQ=255) tgATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATg < 1:3443867/71‑1 (MQ=255) gATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGt > 1:2946964/1‑62 (MQ=255) tGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGt < 1:3197694/49‑1 (MQ=255) tGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGt < 1:609256/49‑1 (MQ=255) gttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCg > 1:1989467/1‑61 (MQ=255) gttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGa > 1:599000/1‑62 (MQ=255) gttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGAttt < 1:1573868/71‑1 (MQ=255) ttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCa < 1:4973818/53‑1 (MQ=255) ttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCa < 1:3493413/53‑1 (MQ=255) ttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCg < 1:4084970/60‑1 (MQ=255) ttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCg < 1:3624248/60‑1 (MQ=255) ggTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGAt > 1:2163990/1‑40 (MQ=255) ggTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGAt > 1:63067/1‑40 (MQ=255) gTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATcc < 1:2709740/70‑1 (MQ=255) gTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATc < 1:2635433/69‑1 (MQ=255) gTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCa < 1:1839900/71‑1 (MQ=255) aTGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATgg > 1:1041274/1‑39 (MQ=255) aTGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATc > 1:4683603/1‑67 (MQ=255) tGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATc < 1:2468579/66‑1 (MQ=255) | TCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCA > W3110S.gb/4519775‑4519909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |