| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 376,307 | C→T | 5.7% | V104V (GTC→GTT) | yaiL → | nucleoprotein/polynucleotide‑associated enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 376,307 | 0 | C | T | 5.7% | 231.8 / 3.0 | 70 | V104V (GTC→GTT) | yaiL | nucleoprotein/polynucleotide‑associated enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/36); new base T (2/2); total (32/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
ATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAA > W3110S.gb/376239‑376372 | aTCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGa > 1:3384165/1‑71 (MQ=255) aCCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGa > 1:3321098/1‑68 (MQ=255) ccATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAg > 1:1211534/1‑71 (MQ=255) cATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGc < 1:5141129/71‑1 (MQ=255) ccAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGAt < 1:953143/62‑1 (MQ=255) ccAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGAt < 1:3650185/62‑1 (MQ=255) cAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTcacac < 1:2861187/71‑1 (MQ=255) aaTGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTcac < 1:3540575/68‑1 (MQ=255) aTGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAg < 1:4248795/71‑1 (MQ=255) aTGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAg > 1:37612/1‑71 (MQ=255) tGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGAt < 1:3374019/58‑1 (MQ=255) gCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGgcg < 1:1155653/71‑1 (MQ=255) gCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGgcg > 1:60948/1‑71 (MQ=255) gCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGgcg < 1:3191309/71‑1 (MQ=255) cGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGgcgc < 1:148720/71‑1 (MQ=255) gATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTcaca > 1:4285145/1‑63 (MQ=255) gATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTcaca > 1:435690/1‑63 (MQ=255) ttGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTc < 1:2873508/47‑1 (MQ=255) ttGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTcacaca > 1:2460758/1‑61 (MQ=255) ttGGTTTTAAATTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGtt < 1:4731707/70‑1 (MQ=255) tctgTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGtt < 1:2701608/67‑1 (MQ=255) ggTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTTGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAt > 1:4564173/1‑71 (MQ=255) ggTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGAt > 1:4018699/1‑48 (MQ=255) ggTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAt > 1:4513222/1‑71 (MQ=255) ggTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAt > 1:3530428/1‑71 (MQ=255) gTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTTAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAtt < 1:3350866/71‑1 (MQ=255) gTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAtt < 1:2155895/71‑1 (MQ=255) gTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGCCGCAGTTGAtt < 1:599214/71‑1 (MQ=255) tttAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa > 1:2051179/1‑71 (MQ=255) tttAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa > 1:4761732/1‑71 (MQ=255) aCTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAg < 1:4280808/44‑1 (MQ=255) cTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAt < 1:903223/63‑1 (MQ=255) cTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGgtc > 1:2779734/1‑71 (MQ=255) ttCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa < 1:3968951/65‑1 (MQ=255) ttCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa < 1:784081/65‑1 (MQ=255) ttCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa < 1:778162/65‑1 (MQ=255) ttCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa < 1:963829/65‑1 (MQ=255) cACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTTGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGgtcgtc > 1:2734881/1‑71 (MQ=255) cACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGAt < 1:1606909/37‑1 (MQ=255) cACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGAt < 1:1773821/37‑1 (MQ=255) aTCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa < 1:523413/52‑1 (MQ=255) aTCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa < 1:3251706/52‑1 (MQ=255) tCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAt < 1:2798362/48‑1 (MQ=255) tCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATg < 1:2311331/53‑1 (MQ=255) cTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGccc > 1:460881/1‑70 (MQ=255) tGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAg > 1:3884919/1‑41 (MQ=255) tGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGa > 1:3968601/1‑45 (MQ=255) tGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGa > 1:3102001/1‑45 (MQ=255) tGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGc > 1:4872656/1‑71 (MQ=255) aTTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGccc < 1:220488/67‑1 (MQ=255) tAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCttgt > 1:502427/1‑71 (MQ=255) aagaagATTTTTGTCGATAAGCTCTCACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCttgt < 1:4254430/70‑1 (MQ=255) aagaagATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAAt > 1:4192456/1‑45 (MQ=255) aagaagATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATg > 1:4508475/1‑46 (MQ=255) aagaagATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCttgt < 1:1454253/70‑1 (MQ=255) gaagaTTTTTGTTGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTgg < 1:2412167/71‑1 (MQ=255) gaagaTTTTTGTTGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTgg < 1:554298/71‑1 (MQ=255) aagaTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAtt < 1:4326767/39‑1 (MQ=255) aagaTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGAtt < 1:1033465/39‑1 (MQ=255) aagaTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGt < 1:5014119/71‑1 (MQ=255) agaTTTTTGTCGATAAGCTCTCACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGt < 1:1518781/70‑1 (MQ=255) agaTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCttgtt > 1:814066/1‑67 (MQ=255) gaTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCt > 1:4836306/1‑62 (MQ=255) gaTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCt > 1:3979851/1‑62 (MQ=255) aTTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGc < 1:1999323/56‑1 (MQ=255) tttttGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCg > 1:4549366/1‑69 (MQ=255) ttttGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTaa > 1:4194987/1‑36 (MQ=255) ttttGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCttg > 1:1869404/1‑61 (MQ=255) tttGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATaa > 1:241140/1‑71 (MQ=255) tttGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATa > 1:1377433/1‑70 (MQ=255) tttGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATa < 1:2915254/70‑1 (MQ=255) | ATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAA > W3110S.gb/376239‑376372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |