| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 44.0% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 44.0% | 45.3 / 132.0 | 100 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/28); new base T (20/24); total (48/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGA > W3110S.gb/70366‑70500 | aaTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGc > 1:1896894/1‑71 (MQ=255) aTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGcc < 1:267149/71‑1 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa > 1:3653782/1‑70 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:2978590/1‑71 (MQ=255) tggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATc < 1:4577386/71‑1 (MQ=255) tggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATc < 1:4742893/71‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCt < 1:245574/70‑1 (MQ=255) gAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCt < 1:1599176/69‑1 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:165158/71‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATc < 1:1808222/65‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATc < 1:3622166/65‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATc < 1:4705627/65‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtgg < 1:3866708/71‑1 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGc > 1:3655875/1‑58 (MQ=255) gAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCgg > 1:1484473/1‑71 (MQ=255) gAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCgg > 1:4762053/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:990544/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCgg > 1:5015164/1‑70 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCgg < 1:2352845/70‑1 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:2758744/1‑71 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:3061842/1‑71 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:242943/1‑71 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:1802704/1‑71 (MQ=255) aaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGtt > 1:2957367/1‑71 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCGCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3657189/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3432079/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3930543/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:4609250/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:507796/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3797085/71‑1 (MQ=255) gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGcc > 1:2066716/1‑53 (MQ=255) tATGGCTGAAGCCCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 1:4966214/71‑1 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACg > 1:288396/1‑71 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:2816939/71‑1 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc < 1:3721467/67‑1 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCg < 1:551924/71‑1 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCg < 1:1497867/71‑1 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:394238/1‑70 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCg < 1:1373708/71‑1 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCg < 1:3298338/71‑1 (MQ=255) gAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGc > 1:4625723/1‑67 (MQ=255) gcgcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:3646541/47‑1 (MQ=255) aaaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGc > 1:338719/1‑70 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCa < 1:2561075/71‑1 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3136608/54‑1 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:2361240/1‑71 (MQ=255) tGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:907796/1‑71 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:4444437/60‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg < 1:5068319/70‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg < 1:3487323/70‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2806212/71‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:1843808/71‑1 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3206070/48‑1 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:2901112/53‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:3147772/1‑48 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:3837681/1‑48 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:196376/1‑48 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt > 1:1310007/1‑69 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:106714/44‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGtt < 1:143703/43‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGa > 1:2096584/1‑52 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:4200238/1‑44 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:4677659/47‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:3427090/47‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:3061983/47‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:5116976/1‑43 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:1444504/1‑43 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:406946/1‑71 (MQ=255) ggATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCTAtttttt < 1:4648166/71‑1 (MQ=255) ggATACTCGTTTAACGCCCATCTCGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCTACGGTTATCTCGAtttttt < 1:4692152/71‑1 (MQ=255) gATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:217212/71‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa < 1:292068/71‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa < 1:298182/71‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa > 1:3225963/1‑71 (MQ=255) tACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:644454/38‑1 (MQ=255) tACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:2019560/38‑1 (MQ=255) tACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAgg < 1:2452674/46‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc > 1:1250320/1‑46 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc > 1:3411486/1‑46 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc > 1:236433/1‑46 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 1:3700585/1‑62 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3767239/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3520597/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGGTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3378775/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:4185421/1‑58 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:4642621/1‑58 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:2557307/1‑58 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3235088/70‑1 (MQ=255) cGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:477013/1‑40 (MQ=255) cGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgac > 1:626156/1‑71 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc > 1:2912040/1‑71 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:2812591/1‑67 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc > 1:3364917/1‑71 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgac < 1:2091340/70‑1 (MQ=255) ttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGACAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga > 1:633962/1‑71 (MQ=255) taaaCGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:3360011/3‑43 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt > 1:4920195/1‑47 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt > 1:427724/1‑49 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 1:3171453/1‑56 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 1:1877499/1‑56 (MQ=255) | AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGA > W3110S.gb/70366‑70500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |