| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 918,188 | G→A | 31.5% | E432K (GAA→AAA) | ybjD → | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 918,188 | 0 | G | A | 31.5% | 103.7 / 60.2 | 73 | E432K (GAA→AAA) | ybjD | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/18); new base A (15/8); total (47/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTG > W3110S.gb/918122‑918256 | aaGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATg > 1:4159786/1‑71 (MQ=255) aGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATgg < 1:1786761/71‑1 (MQ=255) cATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATg > 1:2295505/1‑71 (MQ=255) aTTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCGTg < 1:1285985/70‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATg < 1:4638526/70‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATg > 1:1394139/1‑70 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACt > 1:2225809/1‑71 (MQ=255) tGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGaa > 1:2561629/1‑55 (MQ=255) cAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATgg > 1:2996089/1‑71 (MQ=255) aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGc > 1:1077326/1‑71 (MQ=255) aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGc < 1:634763/71‑1 (MQ=255) cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGAt > 1:2954259/1‑70 (MQ=255) cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGAt > 1:1329152/1‑70 (MQ=255) cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATg < 1:5078620/71‑1 (MQ=255) gCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCa < 1:3276516/48‑1 (MQ=255) gCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAg > 1:186775/1‑71 (MQ=255) aaaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGt > 1:1651473/1‑54 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGaa > 1:1195050/1‑39 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg > 1:4268209/1‑71 (MQ=255) ccACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAggg > 1:678134/1‑69 (MQ=255) cACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGtaag < 1:4851198/71‑1 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGc > 1:353843/1‑38 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGc > 1:4933156/1‑38 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATg < 1:866750/41‑1 (MQ=255) cTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaagaa < 1:5146858/71‑1 (MQ=255) tGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGc < 1:4422911/53‑1 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGTATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata > 1:3014086/1‑71 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCa > 1:421305/1‑35 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa < 1:4156380/69‑1 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAat < 1:1261739/70‑1 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATg < 1:2223118/37‑1 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATCGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAat < 1:1854157/70‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata < 1:4235986/70‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCCCGCCGAATCGGGATTGAATGTCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAat < 1:1859949/69‑1 (MQ=255) tAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAg > 1:828258/1‑59 (MQ=255) aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTg > 1:861939/1‑39 (MQ=255) aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGa > 1:4312557/1‑50 (MQ=255) aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATg > 1:555653/1‑70 (MQ=255) aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGGAGAAATATGc > 1:1485548/1‑71 (MQ=255) aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGc > 1:5120749/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGcc > 1:327140/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGc > 1:2355841/1‑70 (MQ=255) tGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa > 1:2817825/1‑71 (MQ=255) tGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa > 1:2419095/1‑71 (MQ=255) cgccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGAt < 1:1854511/36‑1 (MQ=255) gccgAATGGGGATAGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGc > 1:866012/1‑46 (MQ=255) cgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaagaa < 1:2322306/53‑1 (MQ=255) aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCaa > 1:4452612/1‑70 (MQ=255) aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAg < 1:3817752/71‑1 (MQ=255) tGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:3329748/1‑71 (MQ=255) tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGaa > 1:5122455/1‑38 (MQ=255) tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:3066341/1‑71 (MQ=255) tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:1272433/1‑71 (MQ=255) tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:3391700/1‑71 (MQ=255) gggATTGAATTGCATGTACTGGTCGATTGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1064080/71‑1 (MQ=255) gggATTGAATTGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:1201031/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTAGTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:212067/71‑1 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:1711370/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:766258/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:429958/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:1888927/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:3314369/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:4352009/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:3483759/1‑48 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt > 1:3582195/1‑71 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:5011712/71‑1 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1462585/71‑1 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:206107/71‑1 (MQ=255) gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt > 1:3919690/1‑71 (MQ=255) ggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGt < 1:430279/61‑1 (MQ=255) aTTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGc < 1:461780/53‑1 (MQ=255) tGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTg > 1:4995316/1‑70 (MQ=255) tGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTg > 1:2141883/1‑70 (MQ=255) | AAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTG > W3110S.gb/918122‑918256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |