| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,088,483 | C→T | 44.3% | Q599Q (CAG→CAA) | ycdR ← | predicted enzyme associated with biofilm formation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,088,483 | 0 | C | T | 44.3% | 23.7 / 79.1 | 61 | Q599Q (CAG→CAA) | ycdR | predicted enzyme associated with biofilm formation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/17); new base T (13/14); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
CCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGA > W3110S.gb/1088419‑1088547 | ccTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTTTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAggg < 1:1339295/71‑1 (MQ=255) gATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATg > 1:2808496/1‑71 (MQ=255) aTGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGAt < 1:4604850/69‑1 (MQ=255) aTGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATg < 1:4335024/70‑1 (MQ=255) tGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGt < 1:3003649/70‑1 (MQ=255) cTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGtttt < 1:2801938/71‑1 (MQ=255) cTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGtttt < 1:4822528/71‑1 (MQ=255) aCCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTa < 1:4721367/70‑1 (MQ=255) aCCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTaa > 1:1713490/1‑71 (MQ=255) cATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATtttttt < 1:4179681/67‑1 (MQ=255) cATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAAtt > 1:3502611/1‑71 (MQ=255) aTTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGttttt < 1:3330737/66‑1 (MQ=255) aTTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGttttt < 1:1914093/66‑1 (MQ=255) tttttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTaa > 1:1913506/1‑67 (MQ=255) ttttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGa > 1:4363527/1‑71 (MQ=255) ttttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGa > 1:2341205/1‑71 (MQ=255) tCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGAtt < 1:3599135/70‑1 (MQ=255) acAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTa < 1:2896756/57‑1 (MQ=255) ttttGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTg < 1:3005049/71‑1 (MQ=255) ttGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAAt > 1:1489273/1‑54 (MQ=255) ttGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGGTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTa > 1:965191/1‑71 (MQ=255) tgCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGAt < 1:2944339/56‑1 (MQ=255) tgCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGAt < 1:1432342/56‑1 (MQ=255) gCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTg > 1:83829/1‑57 (MQ=255) gCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTg > 1:2726742/1‑57 (MQ=255) gCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTAtt < 1:1571308/69‑1 (MQ=255) cTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAAcc < 1:4682340/71‑1 (MQ=255) tGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGtttt < 1:4707451/43‑1 (MQ=255) tGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCa > 1:3474353/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGcc > 1:1867496/1‑71 (MQ=255) aTAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGa < 1:877552/71‑1 (MQ=255) tAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGa > 1:4066750/1‑38 (MQ=255) tAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGa > 1:1723836/1‑38 (MQ=255) tAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGa > 1:4080132/1‑38 (MQ=255) aGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCa > 1:815516/1‑57 (MQ=255) gATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGAtt < 1:715128/70‑1 (MQ=255) tttGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGAttttt < 1:1419606/71‑1 (MQ=255) ttGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTc > 1:2720957/1‑71 (MQ=255) tGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTc < 1:1147219/70‑1 (MQ=255) gTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTa > 1:3237334/1‑44 (MQ=255) gTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTGAATTGTATTAACCATTGGTCAGcc > 1:1573594/1‑61 (MQ=255) gTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGcc > 1:3489918/1‑61 (MQ=255) gTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGcc > 1:4406842/1‑61 (MQ=255) tCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTg < 1:331446/41‑1 (MQ=255) tCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTg < 1:4194618/41‑1 (MQ=255) tCTTTAGCTTGAGGGATG‑TTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGc < 1:1234830/70‑1 (MQ=255) tttAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTgg < 1:2102152/52‑1 (MQ=255) tttAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGt < 1:3510105/53‑1 (MQ=255) ttAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGa > 1:4786694/1‑70 (MQ=255) | CCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGA > W3110S.gb/1088419‑1088547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |