| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,199,872 | T→C | 39.5% | intergenic (‑58/‑400) | ymfE ← / → lit | predicted inner membrane protein/cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,199,872 | 0 | T | C | 39.5% | 58.5 / 101.8 | 86 | intergenic (‑58/‑400) | ymfE/lit | predicted inner membrane protein/cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base C (14/20); total (39/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
CATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAATAT > W3110S.gb/1199803‑1199939 | cATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtt < 1:2959452/71‑1 (MQ=255)cATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtt < 1:3737675/71‑1 (MQ=255) atatTATTCACCTTAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACttt > 1:2346673/1‑71 (MQ=255) tattatTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtttt < 1:494911/71‑1 (MQ=255) tattatTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtttt < 1:2334156/71‑1 (MQ=255) ttattCACCTGAGTTACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTc < 1:1273848/70‑1 (MQ=255) attCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCa > 1:3642712/1‑69 (MQ=255) attCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAg > 1:3959826/1‑70 (MQ=255) attCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAg < 1:1974344/70‑1 (MQ=255) ttCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAg > 1:4221532/1‑69 (MQ=255) cACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAg < 1:2405683/70‑1 (MQ=255) ccTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgtt < 1:283892/71‑1 (MQ=255) ccTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgtt < 1:494648/71‑1 (MQ=255) cTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTa > 1:2907/1‑66 (MQ=255) cTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTa > 1:1925922/1‑66 (MQ=255) gTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtttt < 1:4178145/57‑1 (MQ=255) aCGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACaa < 1:2311458/71‑1 (MQ=255) aCGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACaa > 1:376220/1‑71 (MQ=255) cGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAt > 1:4163533/1‑71 (MQ=255) cGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAt > 1:3022498/1‑71 (MQ=255) cTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttt < 1:4514864/71‑1 (MQ=255) cTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttt < 1:2889698/71‑1 (MQ=255) tttAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCa < 1:1031731/52‑1 (MQ=255) ttAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgt < 1:4724395/57‑1 (MQ=255) ttAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgt < 1:2185079/57‑1 (MQ=255) ttAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgtta > 1:2078304/1‑59 (MQ=255) tAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGt > 1:4269017/1‑52 (MQ=255) tAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGt > 1:1597515/1‑52 (MQ=255) gtgtAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTg < 1:522986/71‑1 (MQ=255) gtgtAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTg < 1:3643253/71‑1 (MQ=255) gtgtAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTg < 1:1395529/71‑1 (MQ=255) tAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGtt < 1:2838135/70‑1 (MQ=255) aTGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCa < 1:2340545/70‑1 (MQ=255) aTGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAg > 1:4311295/1‑71 (MQ=255) aTGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCa < 1:2612042/70‑1 (MQ=255) tGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAgg < 1:3287012/71‑1 (MQ=255) gTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCt < 1:1494683/71‑1 (MQ=255) gTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCt < 1:1895204/71‑1 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:4695373/71‑1 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:4446475/71‑1 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:834169/71‑1 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:4732443/71‑1 (MQ=255) aaTATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTa < 1:15401/36‑1 (MQ=255) tatTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgttagt < 1:3813778/41‑1 (MQ=255) tatTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgttagt < 1:4057177/41‑1 (MQ=255) tatTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgttagt < 1:3766188/41‑1 (MQ=255) atTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGAcc > 1:1878226/1‑70 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATc < 1:411216/55‑1 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATc < 1:3909725/55‑1 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATc < 1:2387570/55‑1 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGAcc > 1:1278355/1‑69 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGAcc > 1:808079/1‑69 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGAcc > 1:4396839/1‑69 (MQ=255) taattaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTa > 1:3655318/1‑51 (MQ=255) taattaaGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAg < 1:2447725/70‑1 (MQ=255) taattaaGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAg < 1:5009256/70‑1 (MQ=255) taattaaGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTACCTGTTCAGGCTGACCTAg > 1:1504110/1‑70 (MQ=255) aattaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttttt > 1:1335791/1‑46 (MQ=255) attaaGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCtt < 1:4908771/71‑1 (MQ=255) ttaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTc < 1:4104515/71‑1 (MQ=255) taaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:3329387/60‑1 (MQ=255) aaGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGc > 1:3102540/1‑71 (MQ=255) gtgtCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTg < 1:3213792/71‑1 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGtt < 1:1199660/47‑1 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGtt < 1:5110797/47‑1 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGtt < 1:1580632/47‑1 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgaca < 1:4553315/71‑1 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgaca < 1:1074850/71‑1 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTga > 1:4100132/1‑69 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTga > 1:3744096/1‑69 (MQ=255) tCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTga > 1:630604/1‑69 (MQ=255) aTTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttttt > 1:1030554/1‑35 (MQ=255) aTTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttttt > 1:2285394/1‑35 (MQ=255) aTTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCa > 1:199150/1‑47 (MQ=255) aTTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgacaga > 1:3818975/1‑71 (MQ=255) aTTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgacaga > 1:3667787/1‑71 (MQ=255) aTTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgaca > 1:3403705/1‑69 (MQ=255) ttATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgacagac < 1:2243141/71‑1 (MQ=255) tataCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACaa > 1:2138897/1‑70 (MQ=255) tataCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACaa > 1:5119547/1‑70 (MQ=255) tataCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGCATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACaa < 1:2621722/70‑1 (MQ=255) taCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:3590566/46‑1 (MQ=255) taCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:4842345/46‑1 (MQ=255) taCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:279280/46‑1 (MQ=255) taCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAatat > 1:4183635/1‑71 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTg > 1:2992619/1‑36 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTg > 1:4419258/1‑36 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgac > 1:4572206/1‑61 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTga > 1:4940982/1‑60 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTga > 1:1495272/1‑60 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAata > 1:4840029/1‑69 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAata > 1:3425642/1‑69 (MQ=255) | CATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAATAT > W3110S.gb/1199803‑1199939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |