| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,295,635 | T→C | 41.0% | Y178H (TAC→CAC) | tdk → | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,295,635 | 0 | T | C | 41.0% | 44.7 / 104.9 | 83 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/27); new base C (19/15); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
TCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGA > W3110S.gb/1295571‑1295702 | tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGttt > 1:3515471/1‑71 (MQ=255)tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGtt > 1:1873194/1‑70 (MQ=255) gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTg > 1:4760935/1‑70 (MQ=255) gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:139178/1‑70 (MQ=255) gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:2723190/1‑70 (MQ=255) tCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTAt > 1:865700/1‑71 (MQ=255) cAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTAt > 1:3048578/1‑70 (MQ=255) cAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATg > 1:2911189/1‑71 (MQ=255) aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTa < 1:917032/71‑1 (MQ=255) gcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt < 1:4257927/51‑1 (MQ=255) gcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt < 1:561603/51‑1 (MQ=255) gcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTa > 1:3439048/1‑62 (MQ=255) gcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTaaa < 1:1777369/71‑1 (MQ=255) agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:130738/1‑71 (MQ=255) agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:294374/1‑71 (MQ=255) agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:3886925/1‑71 (MQ=255) ccTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta < 1:3043426/71‑1 (MQ=255) ccTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta < 1:1709925/71‑1 (MQ=255) cTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta > 1:4758445/1‑70 (MQ=255) tataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata > 1:2752786/1‑70 (MQ=255) ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata > 1:1731171/1‑69 (MQ=255) ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:2039850/1‑64 (MQ=255) ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:4192684/1‑64 (MQ=255) taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:5022200/70‑1 (MQ=255) taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata > 1:907620/1‑68 (MQ=255) aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACg > 1:372659/1‑43 (MQ=255) aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACg > 1:2216427/1‑43 (MQ=255) aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACg > 1:3976188/1‑43 (MQ=255) aCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAagag > 1:4652399/1‑71 (MQ=255) cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAgg < 1:303841/71‑1 (MQ=255) cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAgg < 1:924039/71‑1 (MQ=255) gAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGc > 1:749853/1‑71 (MQ=255) ggTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGt > 1:3783585/1‑70 (MQ=255) tGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAGGAGGCGTTAc < 1:3700532/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTa > 1:3702781/1‑43 (MQ=255) tGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTa > 1:1331578/1‑43 (MQ=255) gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGt < 1:4111532/35‑1 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACaa < 1:3366841/71‑1 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTa > 1:5107969/1‑41 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTa > 1:3895417/1‑41 (MQ=255) gCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAg > 1:2693266/1‑71 (MQ=255) cAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGt > 1:5108619/1‑71 (MQ=255) aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:1288901/71‑1 (MQ=255) gtggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTa < 1:336985/43‑1 (MQ=255) gtggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaa < 1:4183598/53‑1 (MQ=255) gtggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaa < 1:1060694/53‑1 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTa < 1:3551818/42‑1 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaa < 1:628713/52‑1 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc < 1:2863029/71‑1 (MQ=255) ggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt > 1:3978401/1‑71 (MQ=255) gtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTc < 1:4837970/71‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:2375748/48‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:2270676/48‑1 (MQ=255) ttGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGt > 1:2932546/1‑61 (MQ=255) ttGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTa < 1:4833116/71‑1 (MQ=255) ttGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTa < 1:2190181/71‑1 (MQ=255) ttGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:249402/47‑1 (MQ=255) ttGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:75332/47‑1 (MQ=255) ttGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:139822/47‑1 (MQ=255) tggtggTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGt < 1:946898/53‑1 (MQ=255) tggtggTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGt < 1:2790624/53‑1 (MQ=255) tggtggTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt < 1:144160/69‑1 (MQ=255) gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta < 1:4670979/37‑1 (MQ=255) gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta < 1:4676788/37‑1 (MQ=255) tAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:926915/59‑1 (MQ=255) tAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTa < 1:3860306/64‑1 (MQ=255) tAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTa < 1:2183797/64‑1 (MQ=255) aaTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt < 1:4288723/62‑1 (MQ=255) aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACa < 1:747877/49‑1 (MQ=255) aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACa < 1:3090195/49‑1 (MQ=255) tGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata < 1:1089016/35‑1 (MQ=255) tGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata < 1:2347600/35‑1 (MQ=255) gAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTaa > 1:3238862/1‑61 (MQ=255) gAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt > 1:1329511/1‑69 (MQ=255) gAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt > 1:4362170/1‑69 (MQ=255) gAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACCAGTCGACTCATTAACGGCTAtt > 1:4700555/1‑69 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:3270130/1‑35 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:5014607/1‑35 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:1140961/1‑35 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:294686/1‑71 (MQ=255) aCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTa > 1:722399/1‑58 (MQ=255) cGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:3401758/71‑1 (MQ=255) aTACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGt < 1:4298015/38‑1 (MQ=255) aTACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:4644976/69‑1 (MQ=255) aTACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:3834401/69‑1 (MQ=255) | TCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGA > W3110S.gb/1295571‑1295702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |