Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,296,846	Δ1 bp	intergenic (+7/+107)	yraP → / ← yraQ	hypothetical protein/predicted permease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,296,843	0	C	.	100.0%	295.6 / NA	77	intergenic (+4/+110)	yraP/yraQ	hypothetical protein/predicted permease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (77/0);  total (77/0)

GGCGTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAGCCCCTTGTAATGCCTGAT  >  W3110S.gb/3296798‑3296860                                              |                  ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTaa          >  1:41864/1‑54 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAGTGCCTGAt  >  1:11716/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAAt         >  1:39881/1‑55 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGcc      >  1:59599/1‑58 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTg    >  1:41305/1‑60 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:15641/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:79490/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:40028/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:7431/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:49231/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:26836/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:39420/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:64144/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:69497/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGa   >  1:69098/1‑61 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:68033/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:53552/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:51807/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:51826/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:65253/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:62337/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:62309/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:61634/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:59111/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:57775/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:56471/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:55254/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:65882/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:48875/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:68184/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:6950/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:69816/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:73568/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:73599/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:74265/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:75318/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:76033/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:81922/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:82012/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:8315/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:83843/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:84530/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:8827/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:21745/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:34218/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:31664/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:28855/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:27850/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:25292/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:25114/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:24062/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:22810/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:35982/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:21193/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:17414/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:16582/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:16517/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:1398/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:13534/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:12997/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:44973/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:5012/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:49717/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:48910/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:48633/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:483/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:48126/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:46651/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:45673/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:50309/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:43943/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:43314/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:4234/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:41944/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:40368/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:37208/1‑62 (MQ=255) ggcgTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAG‑CCCTTGTAATGCCTGAt  >  1:36247/1‑62 (MQ=255)                                              |                  GGCGTGAAGCGGGTAACTACGGCGTTTACGTTTATTAAATAGCAGCCCCTTGTAATGCCTGAT  >  W3110S.gb/3296798‑3296860

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑