Missing coverage evidence...
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CAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTC  >  W3110S.gb/696892‑696953                                                              | cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGTGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:57797/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTATGCGTc  <  1:18493/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:75452/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:6163/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:62400/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:62448/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:71565/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:7193/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:72699/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:73966/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:9841/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:78348/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:78995/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:87051/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:8720/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:88243/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:1127/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:6124/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:57045/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:5345/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:50004/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:45185/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:34694/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:33441/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:30596/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:29174/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:23712/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:1886/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:17528/62‑1 (MQ=255) cAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:16983/62‑1 (MQ=255)                         gCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTc  <  1:19911/38‑1 (MQ=255)                                                              | CAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTC  >  W3110S.gb/696892‑696953

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑