Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2007268	2010293	3026	33 [0]	[0] 32	[fliD]–yedD	[fliD],fliS,fliT,amyA,yedD

CAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTAA  >  W3110S.gb/2007207‑2007267                                                             | cAACGGGCATTATTAAAGCTGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:47192/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:76084/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:60274/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:61584/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:64416/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:69657/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:70202/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:7149/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:72276/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:52276/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:7648/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:78725/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:7877/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:78991/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:81967/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:82898/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:88357/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:14863/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:50643/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:48228/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:4681/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:41576/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:34768/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:32181/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:29504/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:28882/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:27427/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:25045/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:22128/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:22115/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:18001/61‑1 (MQ=255) cAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:15411/61‑1 (MQ=255)   aCGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTaa  <  1:65469/59‑1 (MQ=255)                                                             | CAACGGGCATTATTAAAGCCGCTACCGATGGCGTTAGTAAGACCCTGAATAAATTAACTAA  >  W3110S.gb/2007207‑2007267

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑