Missing coverage evidence...
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CATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGGCTGGTCATTAGTGG  >  W3110S.gb/235134‑235195 |                                                              cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:75321/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:56473/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:57313/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:58456/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:59451/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:65000/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:66359/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:67029/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:70199/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:72602/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:74700/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:54768/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:75983/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:77/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:80037/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:8159/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:81869/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:82359/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:84436/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:84466/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:86815/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:8810/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:34704/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:14115/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:17964/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:2013/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:20399/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:21307/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:23351/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:24197/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:26130/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:26888/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:32680/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:10233/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:35676/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:35880/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:3775/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:39034/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:39307/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:4326/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:45423/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:45522/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:46897/62‑1 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTACTGATTGATGATGGCTGGCTGGTGATTAGTgg  <  1:52491/62‑1 (MQ=255) |                                                              CATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGGCTGGTCATTAGTGG  >  W3110S.gb/235134‑235195

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑