Missing coverage evidence...
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*	*	÷	W3110S.gb	1140107	1141180	1074	39 [0]	[0] 40	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

CAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACCGACG  >  W3110S.gb/1141181‑1141242 |                                                              cAGCTTCACGCTGAAACCATTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:58684/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:67186/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:48460/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:49813/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:5259/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:54042/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:58549/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:60277/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:60541/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:62019/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:47742/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:67202/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:7180/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:73055/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:75797/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:80496/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:82124/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:82951/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:83436/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:87672/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:28659/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:14645/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:18481/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:23097/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:24835/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:25393/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:25611/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:25875/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:25931/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:27705/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:10171/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:29193/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:29740/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:3257/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:36985/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:41437/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:43173/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:47094/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:47156/62‑1 (MQ=255) cAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACcgacg  <  1:4748/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGCTTCACGCTGAAACCAGTAAGTGACGCCATCGTCAACATGGATGTATTAATCACCGACG  >  W3110S.gb/1141181‑1141242

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑