Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1966968	1969417	2450	32 [0]	[0] 57	[flhB]–[cheB]	[flhB],cheZ,cheY,[cheB]

AGAATGGAACAACACATCTACCGAAGGCCGATGACGGTTAACCGCCGGGCCATCGTGAATT  >  W3110S.gb/1969418‑1969478 |                                                             aGAATGTAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:59944/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCAt          >  1:59603/1‑53 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGaa    >  1:24142/1‑59 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:75238/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:59443/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:60551/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:60742/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:6116/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:61806/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:61860/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:64972/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:65571/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:6789/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:68316/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:6853/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:57488/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:77821/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:79524/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:79718/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:81783/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:81868/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:83273/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:84222/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:85410/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:86344/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:86533/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:86580/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:88024/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:38291/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:18103/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:1842/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:20284/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:21538/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:22016/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:23074/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:23231/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:23998/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:29467/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:30049/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:34588/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:3499/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:17370/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:41596/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:41720/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:42222/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:43761/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:46302/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:46433/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:47984/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:49632/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:53820/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:56696/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:5728/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:57415/1‑61 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAt   >  1:7732/1‑60 (MQ=255) aGAATGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAt   >  1:32242/1‑60 (MQ=255) aGAACGGAACAACACATCTACCGATGGCCGATGGCGATTAACCGCCGGGCCATCGTGAAtt  >  1:60340/1‑61 (MQ=255) |                                                             AGAATGGAACAACACATCTACCGAAGGCCGATGACGGTTAACCGCCGGGCCATCGTGAATT  >  W3110S.gb/1969418‑1969478

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑