Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,975,632	0	G	T	40.0%	21.2 / 32.0	50	S469S (TCC→TCA)	cheA	fused chemotactic sensory histidine kinase (soluble) in two‑component regulatory system with CheB and CheY
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (30/0);  new base T (20/0);  total (50/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCGCGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTCTGCCG  >  W3110S.gb/1975598‑1975657                                   |                          tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGatccg     >  1:76993/1‑55 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:88096/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:60636/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:63464/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:668/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:68331/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:38119/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:68507/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:35418/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:73396/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:30923/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:75377/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:21679/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:80158/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:14719/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:77415/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:1960/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:20041/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:7563/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCTGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:2683/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGCCGTCGGTGACCTGct        >  1:34918/1‑54 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTc                   >  1:72951/1‑43 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:68615/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:73684/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:82379/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:86718/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:61235/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:49603/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:59602/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:58981/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:3303/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:11485/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:11557/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:13270/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:14218/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:15500/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:18782/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:21187/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:27036/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:55381/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:34789/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:35379/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:36387/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:3907/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:45706/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:10469/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:50297/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:51520/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTccgccg  >  1:54600/1‑60 (MQ=255) tACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCACGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTCCGcc   >  1:30809/1‑59 (MQ=255)                                   |                          TACGTTTAACGACGTCCATGCCGACGCCGCGCCCGGAGACGTCGGTGACCTGCTCTGCCG  >  W3110S.gb/1975598‑1975657

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑