Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,259,358	0	T	G	55.3%	5.8 / 36.9	47	intergenic (+10/+61)	yeiL/yeiM	DNA‑binding transcriptional activator/predicted nucleoside transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/21);  new base G (26/0);  total (26/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-14
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GAGAATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGCAAC  >  W3110S.gb/2259319‑2259383                                        |                          gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:67524/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:49360/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:46409/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:46130/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:43325/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:55571/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:39480/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:3916/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:58792/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:79916/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:33544/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:30803/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:62513/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:25573/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:24194/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:64219/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:1802/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:16453/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:15443/62‑1 (MQ=255) gagaATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:1243/62‑1 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGAt       >  1:79500/1‑57 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGc     >  1:81114/1‑59 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:68090/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:69465/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:74869/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:70717/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:71784/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:72790/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:88047/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:80652/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:83086/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:83810/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:10005/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:67385/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:54347/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:49387/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:42839/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:40444/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:34355/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:33736/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:33733/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:32878/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:26832/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:25748/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:18763/1‑62 (MQ=255)    aaTAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTGGCAATAGTGCGATTGCCGGATGCAAc  >  1:1055/1‑62 (MQ=255)               cGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGc     <  1:61837/48‑1 (MQ=255)                                        |                          GAGAATAAATTCTCCGGGATGATGCAGTAAAAATTATTTTCAATAGCGCGATTGCCGGATGCAAC  >  W3110S.gb/2259319‑2259383

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑