Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,612,4770GT53.0% 11.8 / 87.9 100intergenic (‑95/‑8)rsmC/holD16S RNA m2G1207 methylase/DNA polymerase III, psi subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/47);  new base T (0/53);  total (0/100)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

CCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGC  >  W3110S.gb/4612462‑4612523
               |                                              
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:58424/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:32184/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:33290/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:34028/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:39412/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:4032/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:40997/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:41880/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:45794/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:49439/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:5088/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:5523/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:55394/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:55681/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:56298/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:56869/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:1059/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:58649/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:61261/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:62746/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:63771/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:73554/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:74996/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:77422/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:77989/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:80263/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:81052/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:82739/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:85096/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:87255/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:88340/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:10407/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:18816/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:18148/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:219/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:22219/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:22437/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:17338/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:15393/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:15388/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:24830/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:26235/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:26238/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:12385/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCTACTGGGc  <  1:60435/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:68652/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:31518/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:61470/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:62180/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:62668/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:63294/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:63466/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:86573/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:85971/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:85171/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:65004/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:8489/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:69096/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:70261/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:12896/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:16827/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:15968/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:15451/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:7906/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:81439/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:1428/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:19503/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:45104/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:24370/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:46475/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:46499/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:41724/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:49391/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:2328/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:38247/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:22457/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:50930/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:50979/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:53365/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:3090/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:21335/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:31517/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:57738/62‑1 (MQ=255)
ccTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:31689/62‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:52000/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:7251/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:67088/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:66620/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:38691/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:26796/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:78360/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:7717/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:47723/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:59884/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:76754/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:50122/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:17888/61‑1 (MQ=255)
 cTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:20095/61‑1 (MQ=255)
  tGACAACAGGAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:20525/60‑1 (MQ=255)
           gAGCTATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGc  <  1:8882/51‑1 (MQ=255)
               |                                              
CCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGC  >  W3110S.gb/4612462‑4612523

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑