Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	62,242	C→T	Q341Q (CAG→CAA)	hepA ←	RNA polymerase‑associated helicase protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	62,242	0	C	T	100.0%	88.6 / NA	50	Q341Q (CAG→CAA)	hepA	RNA polymerase‑associated helicase protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/50);  total (0/50)

TCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTT  >  W3110S.gb/62204‑62265                                       |                        tCCGCAACCTGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:31534/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:74025/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:59418/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:59694/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:61441/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:62417/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:62982/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:66249/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:67799/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:71500/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:71912/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:72158/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:72441/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:58433/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:74403/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:77651/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:79106/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:8477/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:85391/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:85577/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:87983/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:88559/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:88652/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:9197/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:9228/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:1384/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:17720/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:18189/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:18776/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:21297/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:25716/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:2900/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:29451/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:3064/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:30810/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:15846/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:41034/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:41607/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:42614/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:44873/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:46779/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:5010/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:51271/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:12879/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:5749/62‑1 (MQ=255) tCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:11171/62‑1 (MQ=255)  ccGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:59214/61‑1 (MQ=255)  ccGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:57302/61‑1 (MQ=255)               aTAATTTTTCTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:33631/48‑1 (MQ=255)                        cTGCTCTTCAACGAATTGCGCAAAATCGTGGAAACGGtt  <  1:4086/39‑1 (MQ=255)                                       |                        TCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTT  >  W3110S.gb/62204‑62265

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑