Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 786,588 | G→T | G178G (GGG→GGT) | aroG → | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, phenylalanine repressible |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 786,588 | 0 | G | T | 99.0% | 170.9 / NA | 97 | G178G (GGG→GGT) | aroG | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, phenylalanine repressible |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (0/96); total (0/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCT > W3110S.gb/786546‑786607 | aCGTACCACCGATTCGCTGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:44479/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGTACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:35872/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGTGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:4270/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:63607/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:64229/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:63297/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:62700/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:62442/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:59472/62‑3 (MQ=255) aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt < 1:59055/62‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |