Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 97,542 T→C C152C (TGT→TGC)  murD → UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine:D‑glutamate ligase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb97,5420TC100.0% 194.8 / NA 103C152C (TGT→TGC) murDUDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine:D‑glutamate ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/103);  total (0/103)

Only 100 of 104 total aligned reads displayed.

GAGTGTGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAC  >  W3110S.gb/97537‑97597
     |                                                       
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gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTTGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:40178/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTTGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:23293/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:55504/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:64883/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:63137/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:62524/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:62048/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:61093/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:60786/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:58787/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:5840/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:57280/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:57231/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:57150/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:66074/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:54994/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:5172/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:50685/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:50381/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:49404/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:49292/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:49179/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:48939/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:10540/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:77879/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:93/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:9207/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:87683/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:86468/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:86352/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:86085/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:84978/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:82906/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:8245/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:8008/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:78732/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:65843/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:77479/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:76587/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:76324/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:75302/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:75115/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:73861/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:73402/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:71238/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:6807/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:68025/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:46902/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:20446/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:32437/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:46250/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:29670/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:29112/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:28692/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:28104/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:27500/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:27180/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:24045/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:2327/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:22122/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:32183/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:20255/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:19883/61‑1 (MQ=255)
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gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:17716/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:17280/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:15342/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:13703/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:12298/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:1092/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:10828/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:32683/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:45264/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:44804/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:42837/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:42347/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:42266/61‑1 (MQ=255)
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gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:41568/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:40606/61‑1 (MQ=255)
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gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:34292/61‑1 (MQ=255)
gaGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:36536/61‑1 (MQ=255)
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 aGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:55678/60‑1 (MQ=255)
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 aGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:16628/60‑1 (MQ=255)
 aGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:28004/60‑1 (MQ=255)
 aGTGCGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:25473/60‑1 (MQ=255)
  gtgcGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAc  <  1:45297/59‑1 (MQ=255)
     |                                                       
GAGTGTGAACTGTACGTGCTGGAACTGTCGAGCTTCCAGCTGGAAACCACCTCCAGCTTAC  >  W3110S.gb/97537‑97597

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑