Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 904,968 T→C intergenic (‑79/‑47) ybjP ← / → ybjQ predicted lipoprotein/conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb904,9680TC98.7% 144.0 / NA 79intergenic (‑79/‑47)ybjP/ybjQpredicted lipoprotein/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/1);  new base C (0/78);  total (0/79)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01

CTGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCTGATAATGC  >  W3110S.gb/904915‑904976
                                                     |        
ttGAAAGCGTTCTACTATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:47432/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCTGATAATGc  <  1:19924/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAAttc  <  1:72432/61‑3 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:59889/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:66676/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:65505/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:6449/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:64385/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:63617/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:63266/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:62298/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:59972/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:68551/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:56025/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:52656/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:51592/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:49150/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:48980/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:47640/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:46944/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:46419/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:76957/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:9578/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:87394/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:86918/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:86795/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:84274/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:83830/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:83829/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:8168/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:80224/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:67066/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:76539/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:75820/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:74144/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:71976/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:71186/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:6992/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:68758/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:46229/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:19652/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:23785/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:23531/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:23049/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:22933/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:22647/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:22622/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:22491/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:21819/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:20209/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:26351/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:18958/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:17384/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:15442/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:15271/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:14861/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:13561/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:13232/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:13136/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:38345/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:44586/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:43949/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:43917/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:42292/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:41819/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:39432/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:38735/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:38715/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:10602/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:3691/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:35584/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:34228/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:33789/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:33306/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:30567/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:27012/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:26435/61‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATACTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:60946/61‑1 (MQ=255)
 tGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc  <  1:13852/61‑1 (MQ=255)
                                                     |        
CTGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCTGATAATGC  >  W3110S.gb/904915‑904976

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑