Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 904,968 | T→C | intergenic (‑79/‑47) | ybjP ← / → ybjQ | predicted lipoprotein/conserved hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 904,968 | 0 | T | C | 98.7% | 144.0 / NA | 79 | intergenic (‑79/‑47) | ybjP/ybjQ | predicted lipoprotein/conserved hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (0/78); total (0/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
CTGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCTGATAATGC > W3110S.gb/904915‑904976 | ttGAAAGCGTTCTACTATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:47432/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCTGATAATGc < 1:19924/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAAttc < 1:72432/61‑3 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:59889/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:66676/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:65505/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:6449/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:64385/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:63617/61‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGTTCTACGATAATAATGATATCCTTTCAATAATAGCGTATCAGTCCGATAATGc < 1:63266/61‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |