Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	939,785	C→A	intergenic (+26/‑65)	ycaJ → / → serS	recombination protein/seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	939,785	0	C	A	100.0%	75.5 / NA	44	intergenic (+26/‑65)	ycaJ/serS	recombination protein/seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (44/0);  total (44/0)

GCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGG  >  W3110S.gb/939737‑939798                                                 |              gCCCCATAAAGCGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:37499/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCtgtg   >  1:41651/1‑61 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCtgtg   >  1:66206/1‑61 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCtgt    >  1:13518/1‑60 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:66635/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:50405/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:51685/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:56558/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:57039/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:60841/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:62743/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:63083/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:88625/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:11741/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:85780/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:67809/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:8849/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:77111/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:78270/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:79934/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:82304/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:83806/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:84015/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:85750/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:32887/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:15031/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:16403/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:19334/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:2231/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:25495/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:28329/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:28743/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:30191/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:31523/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:4893/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:39247/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:41070/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:41462/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:4200/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:440/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:44196/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:45012/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:47530/1‑62 (MQ=255) gCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTAATGTATCCCTGTgg  >  1:48477/1‑62 (MQ=255)                                                 |              GCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGG  >  W3110S.gb/939737‑939798

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑