| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 962,797 | T→C | I127I (ATT→ATC) | rpsA → | 30S ribosomal subunit protein S1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 962,797 | 0 | T | C | 97.7% | 161.2 / NA | 87 | I127I (ATT→ATC) | rpsA | 30S ribosomal subunit protein S1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (85/0); total (85/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GTTATCAACGGCAAAGTTAAGGGCGGCTTCACTGTTGAGCTGAACGGTATTCGTGCGTTCCTGCCAGGTTCTCTGGTAGACGTTCGTCCGGTGCGTGACACTC > W3110S.gb/962747‑962849 | gtTATCAGCGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:85091/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTcc > 1:88088/1‑61 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTcc > 1:34625/1‑61 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTcc > 1:26496/1‑61 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:5720/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:66733/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:6333/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:62660/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:62648/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:62619/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:62536/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:60998/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:6086/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:57389/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:70421/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:55077/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:54974/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:54058/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:53350/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:52900/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:51789/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:51355/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:51138/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:50094/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:82084/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:88527/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:87257/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:87001/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:85313/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:84817/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:83710/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:83/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:82483/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:82472/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:66859/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:80826/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:7891/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:76706/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:76069/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:74682/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:72962/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:71111/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:71093/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:48312/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:24711/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:10094/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:3253/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:32253/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:31481/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:29930/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:27962/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:27476/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:26582/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:25832/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:25678/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:33078/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:21151/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:20639/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:19186/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:18902/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:18125/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:14639/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:12500/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:1188/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:10339/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:33495/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:47736/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:46868/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:43840/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:43313/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:43047/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:42141/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:41295/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:41236/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:4079/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:40536/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:36780/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:36295/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:35100/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:34299/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:33718/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:3327/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGATCCt > 1:62710/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGAAGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt > 1:34439/1‑62 (MQ=255)gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGATTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGc > 1:63177/1‑56 (MQ=255) gAACGGTATTCGTGCGTTCCTGCCAGGTTCTCTGGTAGACGTTCGTCCGGTGCGTGACActc < 1:21870/62‑1 (MQ=255) gAACGGTATTCGTGCGTTCCTGCCAGGTTCTCTGGTAGACGTTCGTCCGGTGCGTGACActc < 1:11682/62‑1 (MQ=255) | GTTATCAACGGCAAAGTTAAGGGCGGCTTCACTGTTGAGCTGAACGGTATTCGTGCGTTCCTGCCAGGTTCTCTGGTAGACGTTCGTCCGGTGCGTGACACTC > W3110S.gb/962747‑962849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |