Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,154,001	T→C	T162T (ACT→ACC)	fabF →	3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,154,001	0	T	C	100.0%	111.9 / NA	59	T162T (ACT→ACC)	fabF	3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (59/0);  total (59/0)

CATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCAC  >  W3110S.gb/1153962‑1154022                                        |                      cATGTATGGCCTGCGTGGCGCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:73625/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:66373/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:46668/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:47972/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:50920/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:53318/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:53360/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:54554/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:55407/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:5953/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:59731/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:61437/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:62234/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:62582/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:65356/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:65609/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:442/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:6862/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:7004/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:71907/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:72283/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:74029/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:80901/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:8173/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:82301/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:84316/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:85361/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:87444/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:884/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:27267/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:13482/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:14211/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:15585/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:15660/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:16059/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:16237/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:18649/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:19625/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:23392/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:24467/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:24579/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:25916/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:12001/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:27993/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:30379/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:33349/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:341/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:35322/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:3728/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:37310/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:37336/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:37526/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:40173/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:40381/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:43753/1‑61 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGca   >  1:16700/1‑60 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGca   >  1:83587/1‑60 (MQ=255) cATGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGca   >  1:41603/1‑60 (MQ=255) aaTGTATGGCCTGCGTGGCCCAAGCATCTCTATCGCGACCGCCTGTACTTCCGGCGTGcac  >  1:29144/2‑61 (MQ=255)                                        |                      CATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCAC  >  W3110S.gb/1153962‑1154022

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑