Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,225,643	T→C	intergenic (+159/+213)	ycgI → / ← minE	hypothetical protein/cell division topological specificity factor

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,225,643	0	T	C	100.0%	82.3 / NA	46	intergenic (+159/+213)	ycgI/minE	hypothetical protein/cell division topological specificity factor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/46);  total (0/46)

ATCATCTCCCAGTATATCCATACTAACAATAAGGTTATTT  >  W3110S.gb/1225627‑1225666                 |                        atcttcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:20691/40‑1 (MQ=19) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:80590/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:62621/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:63819/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:63871/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:65554/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:67389/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:68156/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:69374/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:74802/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:75523/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:76242/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:80018/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:55654/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:81344/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:85985/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:85990/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:8624/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:8759/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:88146/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:9170/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:9559/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:9765/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:9865/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:31292/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:15635/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:18690/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:18821/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:19607/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:19905/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:25408/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:25502/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:27782/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:28207/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:29536/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:11348/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:36002/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:36034/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:37717/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:47684/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:47774/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:47780/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:52953/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:53352/40‑1 (MQ=25) atcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:54644/40‑1 (MQ=25)  tcatcTCCCAGGATACCCATGCTAACGATAAGGTTAttt  <  1:4750/39‑1 (MQ=25)                 |                        ATCATCTCCCAGTATATCCATACTAACAATAAGGTTATTT  >  W3110S.gb/1225627‑1225666

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑