Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,232,293	G→A	intergenic (‑322/‑51)	hlyE ← / → umuD	hemolysin E/DNA polymerase V, subunit D

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,232,293	0	G	A	100.0%	123.5 / NA	69	intergenic (‑322/‑51)	hlyE/umuD	hemolysin E/DNA polymerase V, subunit D
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (69/0);  total (69/0)

CTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCA  >  W3110S.gb/1232246‑1232295                                                |   cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:58435/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:66290/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:64769/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:63183/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:62720/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:62365/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:62006/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:6065/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:589/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:66474/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:55179/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:54025/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:53547/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:53154/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:5265/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:51128/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:5105/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:45504/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:79018/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:88402/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:88050/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:87729/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:8676/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:85287/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:82440/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:80197/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:79186/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:43589/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:78596/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:78488/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:77730/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:75924/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:75371/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:70493/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:68455/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:19597/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:10113/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:24590/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:24159/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:22722/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:22383/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:21387/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:2095/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:20485/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:24917/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:18060/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:17929/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:1772/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:14657/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:14303/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:12942/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:12584/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:349/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:43077/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:42626/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:42449/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:37789/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:3718/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:36490/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:3585/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:27002/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:32783/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:30425/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:30136/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:29234/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:29087/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:28338/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGACa  >  1:27951/1‑50 (MQ=255) cTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCAGCTGACa  >  1:13554/1‑50 (MQ=255)                                                |   CTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCA  >  W3110S.gb/1232246‑1232295

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑