Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,279,401	G→A	intergenic (‑206/‑133)	narX ← / → narK	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarL/nitrate/nitrite transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,279,401	0	G	A	100.0%	155.3 / NA	87	intergenic (‑206/‑133)	narX/narK	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarL/nitrate/nitrite transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (87/0);  total (87/0)

GAAGTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGT  >  W3110S.gb/1279398‑1279449    |                                                 gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATc                 >  1:70041/1‑37 (MQ=38) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATaaa    >  1:17467/1‑50 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAg   >  1:79267/1‑51 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAg   >  1:765/1‑51 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAg   >  1:15699/1‑51 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:53709/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:63658/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:61008/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:60566/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:59528/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:58851/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:58511/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:56535/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:56451/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:56162/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:68524/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:53426/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:51572/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:51029/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:48830/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:484/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:47260/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:46828/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:4680/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:44707/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:77134/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:87914/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:87767/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:87053/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:8684/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:86117/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:85112/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:81399/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:79885/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:78165/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:64692/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:76879/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:76655/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:75792/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:73748/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:71378/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:7020/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:1185/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:67953/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:66326/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:15333/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:44262/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:23746/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:23005/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:20453/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:19245/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:18800/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:18529/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:18523/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:16444/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:15813/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:24230/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:14883/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:14845/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:14640/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:14114/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:12238/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:12190/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:12045/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:1202/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:10224/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:2616/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:43457/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:41988/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:41694/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:40125/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:37905/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:36486/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:33955/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:33194/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:32150/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:31834/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:31644/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:30811/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:30440/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:2976/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:2967/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:29295/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:28183/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGt  >  1:24505/1‑52 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAATATCAATCATAGATAAAg   >  1:21645/1‑51 (MQ=255) gAAATCACTGTACTCACTATGGATAATGATAAAAATCAATGATAGATAAAGt  >  1:44077/1‑52 (MQ=38)    |                                                 GAAGTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGT  >  W3110S.gb/1279398‑1279449

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑