Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,316,522	T→G	Q139H (CAA→CAC)	yciE ←	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,316,522	0	T	G	100.0%	79.5 / NA	44	Q139H (CAA→CAC)	yciE	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (44/0);  total (44/0)

TCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAA  >  W3110S.gb/1316479‑1316540                                            |                   tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:71626/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:43444/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:44113/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:53143/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:53216/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:56779/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:59028/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:66753/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:67050/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:6844/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:13558/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:76082/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:80610/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:81462/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:82259/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:83341/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:83789/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:84929/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:85403/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:87493/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:2485/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:1420/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:40786/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:39060/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:15670/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:166/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:38625/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:35618/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:26254/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:34932/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:34523/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:42822/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:2120/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:27859/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:27516/1‑62 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:20757/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:30768/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:12344/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:71258/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:60577/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:55404/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:54205/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaa   >  1:50814/1‑61 (MQ=255) tctcAGTTGTTTGCGGAATATGCTGAATTAGCAAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTaaa  >  1:40965/1‑62 (MQ=255)                                            |                   TCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAA  >  W3110S.gb/1316479‑1316540

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑