Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,378,464	C→T	Y239Y (TAC→TAT)	ycjR →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,378,464	0	C	T	100.0%	69.2 / NA	40	Y239Y (TAC→TAT)	ycjR	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/40);  total (0/40)

TGTTTGAACAGCTGCGCGCGGATAACTATCAGGGCTATGTAGTGTACGAAGGGCGTATCCGG  >  W3110S.gb/1378418‑1378479                                               |                tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:71195/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:49625/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:56848/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:57369/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:58987/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:60344/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:64607/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:65784/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:69682/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:703/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:5358/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:74956/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:81585/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:85000/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:85106/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:86934/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:87736/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:9630/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:9985/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:13804/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:44211/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:38913/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:14245/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:38441/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:3835/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:37392/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:20116/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:31342/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:29431/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:23972/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:28914/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:26101/62‑1 (MQ=255) tGTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTAGCCgg  <  1:54260/62‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:3229/61‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:13941/61‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:77017/61‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:49069/61‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:38570/61‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:44971/61‑1 (MQ=255)  gTTTGAACAGCTGCGCGCCGATAACTATCAGGGTTATGTGGTGTATGAAGGGCGTATCCgg  <  1:1023/61‑1 (MQ=255)                                               |                TGTTTGAACAGCTGCGCGCGGATAACTATCAGGGCTATGTAGTGTACGAAGGGCGTATCCGG  >  W3110S.gb/1378418‑1378479

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑